С точки зрения генетики при параллельном развитии видов из разных филогенетических ветвей не может возникнуть сходных геномов, что также подтверждает монофилию таксонов.
Полифилетическое происхождение отстаивается некоторыми современными учёными (Федотов, Тигс, Ментон и др.). Например, отдельные признаки покрытосеменных прослеживаются у разных групп голосеменных, поэтому предполагают образование покрытосеменных в результате гибридизации, т.е. полифилетическое происхождение. Известны три способа эволюции на основе синтезогенеза: гибридизация, симбиогенез и трансдукция. Гибридизация – скрещивание двух родственных форм, потом в результате естественного отбора сохраняются гибридные формы, если эти новые формы оказываются адаптивными среде. Симбиогенез – объединение двух неродственных организмов, в результате которого образуется новая форма. Классический пример – возникновение лишайников на основе объединения водоросли и гриба.
Трансдукция – перенос генетического материала из генома организмов одних видов в другие. Это явление хорошо изучено на фагах, и поэтому получило название вирусной трансдукции. Если при внедрении фага в клетку бактерии его генный материал включается в хромосому бактерии, фаг становится составной частью хромосомы и репродуцируется вместе с хромосомой. Когда фаг освобождается из хромосомы бактерии, он может уносить с собой и часть хромосомы бактерии, и внедрить в клетку другого организма. Но достоверных доказательств пока ещё практически нет.
Основные направления эволюции. Арогенез (ароморфоз) – развитие группы с резким расширением адаптивной зоны и выход в другую адаптивную зону под влиянием приобретения группой каких-то принципиально иных приспособлений
В новые адаптивные зоны попадают лишь немногочисленные группы, этот процесс осуществляется относительно быстро. Многие группы гибнут, не достигнув новых адаптивных зон. Но та ветвь, которая попадает в новую адаптивную зону, вступает на путь нового аллогенеза. Например: крыло, четырёхкамерное сердце, высокоразвитый головной мозг, теплокровность – привели группы триасовых псевдозухий к полёту.
Сосудистая система, эпидерма, устьица, пыльцевая трубка способствовали завоеванию суши растениями – возникновению сосудистых растений.
К арогенезу у простейших относятся перестройка ядерного аппарата (дифференцировка на вегетативные и генеративные ядра у инфузорий и многих фораминифер) и резкое повышение уровня плоидности ядер у других, переход к диплоидной фазе и др. Типичными арогенезами являются возникновение многоклеточности, половая дифференцировка, развитие фагоцитобласта у беспозвоночных, появление билатеральной симметрии, расчлененных конечностей, трахейной системы,