Kreeni suurenedes ja ahtri vette vajudes purunesid algul 4. teki ja seejärel 5. teki paremparda aknad ning sealt tulvas laeva täiendavalt vett, mis kiirendas veelgi laeva uppumist.
Kell 01.35 oli laev vajunud 80kraadisesse kreeni ehk peaaegu küljeli ja komandosilla parempoolne osa oli vee all.
Algasid viimased minutid laevalt pääsemiseks. Avatekile jõudis erinevate tunnistuste järgi kuni 250 inimest. Kreeni kasvades uhtus laine inimesi sealt vette. Osa inimesi ronis üle reelingu laeva vasaku külje peale. Sinna veeti ka päästeparvesid ja kui laev oli juba täiesti küljeli, lükati parvesid piki külge vette. Kes parve ei leidnud, hüppasid laeva külje pealt vette. Kui laev pöördus juba peaaegu põhi ülespoole ja ahter vajus vee alla, oli ühe pääsenu sõnul laeva põhja peal veel kümmekond inimest, kelle laine vette pühkis. Enamiku neist, kes laeva uppumise ajaks tekile jäid, tõmbas laev kaasa.
Kell 01.48 kadus Estonia veepinnalt. Rootsi rannikuni jäi õnnetuspaigast 100, Soome Utö saareni 40 ja Hiiumaale 50 kilomeetrit.
Pärast hädakutsungi saamist asusid kõik piirkonnas olnud laevad teele Estonia antud koordinaatide järgi. Kell 02.05 määras Turu merepääste koordinatsioonikeskus Silja Europa kapteni päästetööde koordinaatoriks sündmuspaigas. Esimesena jõudis Estonia hukkumispaika kell 02.12 Mariella.
Säilinud on laevade raadioside nendest hetkedest. Mariella teatas Silja Europale: „Me oleme nüüd siin päris lähedal. Siin on palju tulesid, paistab, et ümberringi on palju parvesid ja parvede tulesid.”
Silja Europa vastas: „Nad on meres! Mayday kõigile laevadele Estonia ümbruses! Mariella näeb palju tulesid meres, seega on võimalik, et meres on palju inimesi, ja on võimalik, et laev on põhja läinud.”
Turu merepäästekeskus palus seda kuuldes Silja Europal kiiresti helikopterite maandumisplatsi ette valmistada ja Europa edastas selle kõigile laevadele.
Mariella hakkas prožektoritega merd valgustama ja nad nägid vees inimesi, päästeparvesid, päästepaate ja päästeveste. Veest kostis inimeste karjeid. Kartes otsasõitu, ei saanud laev inimeste lähedale sõita. Laev avas pardaukse, et selle kaudu inimesi päästa, kuid see tuli kõrge lainetuse tõttu kiiresti sulgeda. Mariellalt visati vette 150 päästevesti ning lasti alla neli avatud päästeparve. Estonia päästeparvedelt ronisid inimesed sinna ja nii tõmbas Mariella oma parvedega üles 13 inimest. Kell kuus hommikul, kui inimesed Estonia parvel olid juba täiesti kurnatud, laskusid kaks Mariella meeskonnaliiget vette, suutsid veel kaks inimest teise parve aidata ning nad tõmmati koos üles. Helikopterid tõid Mariellale 11 päästetut. Nende eest hoolitsesid laevapere liikmed ning kolm arsti ja 30 õde reisijate seast.
Silja Europa jõudis õnnetuspaika 02.30, Silja Symphony 02.40 ja Isabella 02.52. Kõik olid valmis pääsenuid veest pardale võtma, kuid oli täiesti pime, tuul puhus kuni 20 m/s, määrav lainekõrgus oli neli meetrit, üksikud lained aga kuus meetrit. Europa lasi vette suure päästeparve, kuid laine avas selle lukustusmehhanismi ja parv ulpis minema. Laeva parrastelt lasti alla valltrepid. Üks mees, kes oli üksinda kummuli päästeparvel, nägi valltreppi, ujus laevani ja ronis mööda treppi üles. Üks helikopter tõi Europale viis päästetut.
Symphony lasi kraanakonksu otsas paremast pardast alla päästeparved ja vasaku parda vööripoolse päästerenni. Üks ja sama helikopter tõi laeva pardale peale kella nelja algul neli, siis viis ja hommikul enne kella kaheksat veel 11 päästetut ja ühe surnukeha.
Ka Isabella avas pardaukse, kuid pidi selle tormi tõttu kohe sulgema. Seejärel lasi Isabella vette kaks päästeparve, millest ühes oli kaks meeskonnaliiget, kes päästsid ühe päästevestiga ujuja. Kell 05.30 ujus Isabella lähedale parv 18 inimesega. Alla laskunud kolm meeskonnaliiget tõmbasid 18 inimest Isabella parvele. Ülestõstmisel osutus aga parv liiga raskeks, see rebenes ja kukkus vette ning kaks merehädalist ja kolm meeskonnaliiget kukkusid parvest vette. Üks merehädaline ja kolm meeskonnaliiget suutsid klammerduda ühe päästerõnga külge ja kohale rutanud helikopter korjas nad üles. Üks merehädaline uppus. Veega täituvasse parve jäänud 16 inimest tõmmati üles mööda laeva päästerenni.
Väiksemad laevad päästsid üksikuid merehädalisi.
Esimene päästehelikopter, Soome piirivalve Super Puma jõudis õnnetuskohale kell 03.05. See kopter jõudis kella üheksani päästa 44 inimest. Teisena jõudis kell 03.50 kohale Rootsi õhujõudude helikopter Super Puma ja päästis 15 inimest. Järgmine Rootsi õhujõudude helikopter jõudis õnnetuspaika 04.40 ja päästis üheksa inimest. Veel üks Soome piirivalve helikopter päästis seitse inimest ja neli Rootsi õhujõudude kopterit igaüks kuus inimest. Ühest Rootsi kopterist avastati, et samadele juba tühjadele päästeparvedele laskutakse korduvalt ja edaspidi paluti päästjatel üle vaadatud parved lõhki lõigata. Vastu hommikut kohale jõudnud kopterid leidsid rohkem surnukehi kui elavaid. Kopterid päästsid 104 inimest. Kaks Soome kopterit viisid päästetuid ka laevadele, ülejäänud Utö saarele või otse haiglatesse. Kolme Rootsi kopteri päästevõimet kahandasid oluliselt vintsirikked.
Mitu inimest kukkus helikopterile tõstmisel vette tagasi ja uppus. Ühele Eesti reisijale hüppas Rootsi päästja järele ja suutis ta tagasi parvele upitada, kuid siis murdus helikopteri tross ja teise helikopteri saabumise ajaks oli reisija juba surnud alajahtumise tõttu.
Kell 02.43 teatas õnnetusest Soome uudisteagentuur STT. Esimese rahvusvahelise teadeteagentuurina teavitas Estonia hukust maailma Associated Press.
Kell 03.05 said Turu päästekeskuse töötajad telefoni teel kätte president Lennart Meri ja Tallinnas otsustati kokku kutsuda kriisikomisjon. Samal ajal hakati Stockholmi Estline´i kontoris koostama Estonial viibinud reisijate nimekirju. Turus kutsuti kriisikomisjon kokku kell 04.00.
Eesti siseministeeriumis alustas 28. septembril kell viis hommikul tööd ametkondadevaheline kriisigrupp, mille üheks eesmärgiks oli ka nimekirja koostamine Estonial viibinud reisijate, meeskonna ja teenindava personali kohta. Nimekirjade koostamisel koguti informatsiooni laevakompaniidest, saatkondadest, politseist, haiglatest ja eraisikutelt.
Juba 29. septembri õhtul edastas Turu politsei (Turun Poliisilaitos) pääsenute nimekirja, kus oli 139 nime ning kus ei olnud kirjas inimesi, kes tegelikult ei pääsenud.
Edaspidi võeti nimekirjade koostamise aluseks laeva omanikfirma Estline´i laeval olnute nimekiri ja sinna taha hakati pääsenute kohta märkmeid tegema.
30. septembril 1994 edastas BNS niisuguse teate: „Andmebaas koostati meeskonna ja reisijate nimekirjade, pardakaartide, viisade, turismibüroode ning eraisikute teadete alusel. Sellele lisanduvad järjest andmed kindlaks tehtute ja päästetute kohta.”
Järgnes selgitus, et päästetööde ja leitud isikute kindlakstegemise kestmise tõttu ei saa rääkida lõplikest andmetest ning et iga allika kontrollimine on aeganõudev ja mahukas töö. Lõplikku nimekirja lubati siis, kui päästetööd on ametlikult lõppenud, päästetud arvele võetud ja hukkunud identifitseeritud. Järgnevalt esitatavas nimekirjas tähendas märge 0K nime taga, et inimene on elus, kuid ei ole Eestis. 0KE tähendas, et inimene on pääsenud ja Eestisse jõudnud. 0K? tähendas, et Estline´i andmetel on inimene päästetud, kuid seda ei ole kinnitanud Turu politseivõimud.
Esialgseil andmeil oli laeval umbes 1050 inimest. See arv muutus tundidega. Päästetute arv oli nädala jooksul pärast õnnetust 160 ja 170 vahel. Lõplikel andmetel oli laeva pardal 989 inimest ja pääses 137 inimest. Seega umbes 60 inimest oli algul nagu hukkunud, kuigi nad ei olnudki laeval. Siis hakkas iga tund tulema teateid inimestest, kes olid reisijate nimekirjas, aga laeval ei olnud, ja laeval olnute nimekiri hakkas kahanema. Pääsenute arv oli algul palju suurem peamiselt seetõttu, et osa inimesi oli nimekirjas mitmes kohas erinevate nimekujudega.
Aastate jooksul on palju räägitud ja kirjutatud niinimetatud kadunud päästetutest, üheksast laevapere liikmest, kes algul olid päästetute nimekirjas, kuid nädala jooksul kadusid sealt erinevatel päevadel.
Need üheksa on: Avo Piht, teise vahetuse kapten; Lembit Leiger, vanemmehaanik; Viktor Bogdanov, laevaarst; Kaimar Kikas, neljas tüürimees; Hannely Veide, tantsija;