Тем временем смерть безжалостно косила царских детей. Достигнув десятилетнего возраста, Алексей потерял уже четырех сестер и обоих братьев. Почти все они умерли во младенчестве, так что только об Иване он мог сожалеть по-настоящему.
1639 год был для царской семьи тяжелым. Сначала умер царевич Иван, которому едва исполнилось пять, а потом Василий. Если верить оставшимся записям, он прожил всего один день. Впрочем, если и неделю, как полагают некоторые историки, то что это меняло и для него, и для его близких? Тяжелые роды, после которых царица Евдокия сама едва не отдала Богу душу, подорвали ее здоровье. Больше детей у нее быть не могло. Поняв это, Михаил Федорович объявил Алексея наследником престола. Царевичу шел тогда четырнадцатый год.
Лето 1645 года принесло ему две самые великие потери. Сначала умер отец, а спустя всего несколько недель Алексей, едва вступивший на московский престол, потерял и мать. Молодой Государь, по характеру и воспитанию человек тихий, добродушный, религиозный, но любопытный к разным наукам, к делам государственным был подготовлен слабо. Посему для молодого царя очень много значило мнение старшей сестры Ирины, долгое время бывшей ему лучшим другом и советчиком. Еще важнее были наставления Бориса Морозова, которому он привык доверять за годы учебы.
Фактически Борис Морозов, которому, к слову, в тот год исполнилось 55 лет, обрел немалую власть с воцарением своего воспитанника. Можно даже сказать, что он руководил им, особенно на первых порах. Однако насколько положительным было влияние Морозова на воспитание и образование цесаревича, настолько же отрицательно оно сказалось на делах государственных, особенно внутренних.
Пользуясь доверием царя, Морозов стал начальником нескольких важнейших приказов, в том числе Стрелецкого и Большой казны. Он ведал всеми доходами государства, в том числе с купеческой торговли, чеканкой монет, налогами и много чем еще, вплоть до аптек. Поле для злоупотреблений царскому любимцу открывалось большое. Морозов и так был нисколько не беден, являлся одним из крупнейших землевладельцев, имел собственные железные и соляные промыслы, но хотел, наверное, быть еще богаче. Кроме того, в казне хронически не хватало денег. Руководствуясь как государственными, так и личными интересами, Морозов пытался изыскивать всё новые пути получения доходов.
Из представленных красавиц Алексей Михайлович выбрал Евфимию, дочь помещика Всеволожского (худ. Г. С. Седов, 1882)
Несмотря на все его таланты, получалось с этим не очень. Так, придуманное им увеличение пошлины на соль должно было заменить собой целый ряд податей помельче, упростить тем самым процесс налогообложения. А вышло с точностью до наоборот.