Русским административным и судебным органам Финляндия подчинена не была. Вместо этого Указом от 19 ноября 1808 г. был создан временный правительственный комитет для всего гражданского управления во главе с генерал-губернатором.
Вопрос о центральном управлении обсуждался затем специально назначенной для этого комиссией на Боргоском сейме, проект которой после его одобрения в Петербурге был принят Сеймом. На основании этого проекта, но с некоторыми изменениями 6 августа 1809 г. был издан манифест, предусматривающий создание Правительственного Совета, на который были возложены функции центрального органа по отношению к провинциальным учреждениям Финляндии. Правительственному Совету, состоявшему из двух департаментов, занимавшихся судебными и хозяйственными делами, должно было подчиняться «общее управление Финляндией».
Манифестом 17 декабря 1809 г. в Финляндии была введена русская серебряная монета. В этом же году Финляндия была включена в VIII округ Имперских путей сообщения.
Указом 20 июня 1810 г. устанавливалось, что остаток по финляндскому годовому бюджету должен был быть внесен в русское государственное казначейство в виде восполнения издержек на содержание русских войск в Финляндии.
25 октября 1811 г. в Петербурге была учреждена «Комиссия финляндских дел», задачей которой было вторичное обсуждение направляемых императору документов, касающихся гражданского управления, после их обсуждения в Сенате.
31 января 1812 г. генерал-губернатору Финляндии была дана инструкция, ограничивающая его права по управлению Финляндией.
В 1812 г. был опубликован таможенный тариф для Финляндии, имевший целью ассимиляцию русской и финляндской таможенной системы.
9 февраля 1816 г. Правительствующий Совет в Финляндии был переименован в Императорский Финляндский Сенат, состоящий из двух департаментов, один из которых стал высшим административным органом, а второй – высшей судебной инстанцией. Председателем Сената, представляющим монарха в крае, а также командующим расположенными в нем войсками являлся генерал-губернатор, назначаемый из русских.
17 марта 1826 г. особым манифестом была упразднена Комиссия финляндских дел. Ее место занял Финляндский Статс-секретариат во главе со статс-секретарем. Ему было предоставлено право личного доклада у императора по всем делам, которые «согласно коренным законам и основным постановлениям онаго края подлежали рассмотрению и разрешению Верховной Власти». Именным указом генерал-губернатору 6 декабря 1834 г. было присвоено звание Министра статс-секретаря. Тем самым он получил возможность внесения вопросов непосредственно в Совет Министров