Мани написал ряд трактатов и посланий – «Книгу гигантов», «Послание основоположное» и другие, но от них сохранились лишь отдельные отрывки в сочинениях христианских ересологов. Религия манихеев синкретична, т. е. представляет собой смешение представлений, взятых у разных религий. Главные компоненты этой смеси – древнеперсидский зороастризм и гностицизм. За основу взят родной для Мани зороастризм с его дуализмом и наглядным, без тонкой метафизики, богословием. Гностицизм фигурирует в манихействе в упрощенном виде – без апофатического богословия и без сложной, использующей диалектику, космогонической картины мира. У христианства Мани заимствовал хорошо известную ему структуру церковной иерархии, а также некоторые методы аскетики и элементы литургики. Учение манихеев, если попытаться изложить его схематично, основано на вере в существование двух самостоятельных начал: одно, доброе и светлое, персонифицировано в Ахуре-Мазде, или Ормузде, а другое, злое и темное, олицетворяет Ангра-Майнью, или Ариман. Зависть и злоба толкают Аримана на войну со светлым царством Ормузда. Для защиты царства Ормузда благим богом, с помощью «матери жизни», иначе говоря, мировой души, был сотворен Первочеловек. Во время жестокой борьбы темным силам удалось вырвать у Первочеловека частицу света и смешать ее со злой материей – так возникло вещество, из которого создан видимый мир. Поэтому природа и человек содержат «искру бога», и смысл истории заключается в освобождении света из уз темной материи. Не оскверненный материей Христос, облачив себя для видимости в человеческое тело, сходит из царства света на грешную землю, чтобы помочь людям освободить свет и самих себя из темницы материи. Однако люди не поняли его проповеди, и поэтому Христос, вернувшись в свое царство после кажущейся казни, послал на землю Утешителя, Параклета, в облике Мани для проповеди истинного христианства, извращенного людьми. По окончании процесса освобождения света верные последователи Мани, пневматики, или совершенные, вознесутся в царство света, а все остальное непросветленное творение сгорит в пламени очистительного огня. Хотя в учении Мани упоминается Троица, но Сын и Святой Дух в раннем манихействе представляют собой эманации Отца, а в позднем – лишь различные Его наименования.
После сложных, глубочайшим и тончайший образом продуманных построений таких гностиков, как Василид и Валентин, упрощенная мифология манихеев может показаться детской сказкой. Но, возможно, именно эта простота, как и простота их религиозных ритуалов, привлекала многих верующих; кроме того, манихеи вели очень строгий и праведный образ жизни, что также не могло не вызвать одобрения и подражания. Даже блаженный Августин, один из величайших умов христианской Церкви, в молодости был манихеем, и в «Исповеди» описал это свое почти девятилетнее увлечение.