С июня 1941 г. ключевую роль в военных действиях в Атлантике начинают играть подводные лодки. Основной зоной их действий стала «дыра в Атлантике» – регион на юго-востоке от Гренландии, где защита конвоев британской береговой авиацией и флотом была затруднена из-за отдаленности от баз. Силы же надводного флота были передислоцированы в Арктику для борьбы с конвоями союзников, направляющимися в Мурманск и Архангельск. Эти конвои, как правило, сопровождались сильным эскортом английских военных судов, а также активно защищались советскими подводными лодками. Это позволило почти без потерь осуществить семь крупных конвоев летом – осенью 1941 г. К навигации 1942 г. сосредоточение крупных сил германского ВМФ изменило ситуацию на морских коммуникациях Арктики. Первые тяжелые потери понесли в мае конвои «PQ»-15 и «PQ»-16 – из 66 судов было потоплено 16. В июне был разгромлен конвой «PQ»-17 (потоплено 23 судна из 34). В сентябре конвой «PQ»-18 потерял 13 судов из 40, несмотря на то, что численность эскорта уже немногим уступала торговым судам конвоя. После этих потерь союзники перешли к тактике малых конвоев, которые не могли становиться целью для немногочисленных крупных военных судов германского флота. Лишь после того, как в сентябре 1943 г. трем ударным группировкам британского флота удалось потопить линкор «Шарнхорст», а авиация и подводные лодки серьезно повредили мощнейший линкор «Тирпиц» (того же класса, что и «Бисмарк»), положение на арктических коммуникациях нормализовалось.
Решающие события на атлантических коммуникациях также происходили в течение 1942 – начале 1943 г. С января 1942 г. германское командование окончательно переориентировалось на подводную войну. Адмирал Дениц, приложивший огромные усилия для развития подводного флота Рейха как элитного рода войск, добился превращения строительства подводных лодок в одно из приоритетных направлений в деятельности германской индустрии. Стремительное наращивание сип в Атлантике, перенос действий немецких лодок к побережью Америки со слабо развитой системой береговой охраны, большой опыт и отличная подготовка экипажей германских подлодок – все это определило значительные потери флота союзников в 1942 г. В январе 1943 г. перед немецким подводным флотом была поставлена задача добиться стратегической победы в тотальной морской войне. В эти месяцы большой успех немецким подводникам принесла тактика «волчьей стаи» (одновременного нападения на конвои целой группы подводных лодок), а также использование «дойных коров» – больших танкерных подводных лодок, доставлявших горючее к берегам Америки. В марте 1943 г. здесь произошло самое крупное морское сражение с участием немецких подводных лодок (их соединение насчитывало до 40 кораблей). Только в ходе этой операции было потоплено 21 судно противника. Но уже в апреле – мае 1943 г.