29 августа вице-адмирал Бокнер посетил русский флагманский корабль «Петр». Два дня спустя адмирал П. И. Ханыков отправился в Лондон, откуда вернулся 10 сентября.
В конце сентября русские корабли начинают покидать английские базы и уходить в Россию. Еще раньше – 4 сентября транспортная флотилия в сопровождении корабля «Никанор» покинула Ширнесский рейд и 7 октября прибыла в Ревель.
21 сентября «Пимен», «Иона» и «Глеб» покинули Норский рейд, а 24 го «Св. Елена», «Петр», «Пармен», «Филипп», «Граф Орлов», «Ретвизан», фрегаты «Рафаил», «Ревель», «Нарва» и катер «Диспач» – Ширнесский рейд. 1 октября все русские суда прибыли в Копенгаген.
Здесь П. И. Ханыков получил повеление: «отобрать надежные корабли и возвратиться с ними, смотря по числу их, самому Ханыкову или одному из подчиненных ему флагманов».
Во исполнение этого повеления П. И. Ханыков решил возвратить в Англию семь судов (три корабля, три фрегата и катер) под командой контр-адмирала М. К. Макарова, к которым впоследствии присоединились два фрегата, исправлявшиеся в Шотландии.
4 октября П. И. Ханыков со штабом перешел с «Петра» на «Граф Орлов», а контр-адмирал М. К. Макаров на «Петр». Спустя два дня эскадра П. И. Ханыкова – корабли «Граф Орлов», «Св. Елена», «Пимен», «Ретвизан», «Иона», «Пармен», «Глеб», фрегаты «Кронштадт», «Ревель», «Рига» и «Рафаил» ушли из Копенгагена и 14 октября прибыли в Кронштадт.
В Копенгагене осталась эскадра М. К. Макарова – корабли «Петр», «Европа», «Филипп», фрегаты «Венус», «Нарва», «Архипелаг» и катер «Диспач». Эти суда предназначались для следования в Северное море. 24 октября эскадра М. К. Макарова вышла с Эльсинорского рейда и 15 ноября прибыла на Норский рейд, а 10 декабря перешла на Блекстекский рейд, где встала на зимовку.
Пребывание нашей эскадры в Англии пошло на пользу русскому флоту. Русские моряки перенимали у англичан методы работы с парусами и такелажем. Английский флот много плавал, в том числе и в океане, поэтому английские моряки имели отличную морскую практику.
П. И. Ханыков писал Екатерине: «…При сем должен я признаться, что соединение наше с англичанами было нам полезно, ибо люди наши ревнуя проворству и расторопности англичан и стараясь не уступить им в том, как то, взятьи рифов, в прибавке и убавке парусов и во всем прочем, столько изощрились, что то, что у нас прежде делалось в 10 или 12 минут, ныне делают они в 3 или 4 минуты».
Английские корабли отличались «долголетием». Так, знаменитый флагман адмирала Г. Нельсона 100 пушечный «Виктори»