На архипелаг в 1535 году случайно наткнулся испанский корабль, доставлявший в Перу епископа Панамы Tomás de Berlanga, и сбившийся с пути во время шторма. После долгого скитания по пустынному океану на горизонте неожиданно замаячила земля. Однако моряков встретили мрачные вулканические пейзажи, отсутствие растительности и питьевой воды. Но даже найденная впоследствии вода оказалась ещё солонее, чем в океане. Тогда де Берланга в сердцах произнёс фразу: «¡Se siente como si el Señor hubiera vertido una piedra fundida en el océano y hubiera arrojado cenizas sobre él!» («Такое чувство, что Господь вылил в океан расплавленный камень и просыпал на него пепел!»). Видимо вследствие этого проклятия Галапагосы ещё долго не подпускали к себе людей. Никто толком не мог освоить и закрепиться этих странных землях. Дополнительную сложность создавали быстрые океанические течения, затрудняющие навигацию. По неясной причине Испания не заявляла своих прав на владение островами, и они даже не были обозначены на географических картах.
Только в 1832 году молодое, но гордое государство Эквадор подало прошение на права владением островами (видимо, тогда никому больше они не были интересны). Бравый полковник Ignacio Hernández, направленный правительством молодой Республики Эквадор, 12 февраля 1832 г. на острове Floreana в присутствии экипажей двух американских китобойных судов исполнил торжественную церемонию поднятия эквадорского флага и официального вступления страны во владение архипелагом. Выполняя данное ему предписание, он основал там первое поселение. Первыми жителями стали 80 солдат и небольшое количество их сподвижников в виде крупного рогатого скота.
Впоследующем, поняв свою промашку, Англия, Франция и США попытались было покуситься на Галапагосы, предлагая Эквадору продать острова или сдать их в аренду. Суммы предлагались по тем меркам приличные, сделки уже были прописаны, но выручило лишь сильное противостояние политической оппозиции и боязнь народного бунта. Демография архипелага долго не расширялась. К 1940 году там проживало всего-то 40 человек. Решающий толчок к колонизации и появлению там постоянного населения, как ни странно, дала Вторая мировая война.
В 1974 году по признакам административного деления архипелаг был возведен в ранг провинции Эквадора. К началу 80-х годов ХХ века на архипелаге проживало не более 6 тыс. человек (Сан-Кристобаль – 3 тыс., Санта-Крус – 2,5 тыс., Изабелла – 0,6 тыс., Флореана и Балтра – по 70 чел.). Крупные острова по-прежнему имеют по два названия: одно – испанское, другое – английское.
Архипелаг является ярким примером выживания и приютом биологического разнообразия различных видов. Все острова отличаются друг от друга, как по своему виду, так и содержанию дикой природы. Большое недоумение вызывает тот факт, что острова разительно отличаются друг от друга. Природа мудро распределила флору и фауну неравномерно по всему archipiélago, а выборочно, «специализировав» острова на отдельных видах. Фауна и флора мирно сосуществуют, будучи приспособлеными к локальному микроклимату. Невероятное сочетание богатства