29 мая по настоянию стрельцов за малолетством обоих братьев-царей правительницей государства была провозглашена царевна Софья. Была сделана попытка провозгласить ее царицей, но это не нашло поддержки стрельцов.
Однако, Софья не смирилась с неудачной попыткой взойти на престол: царевна присвоила себе титул "Всея великия и иных России Самодержца"; на монетах и медалях ее изображали в царском венце и со скипетром, а поясные портреты братьев-царей Иоанна V и Петра I хотя и помещались на лицевой стороне, но без скипетра. Кроме того, на портретах Софья изображена на фоне русского орла, что по тогдашним понятиям было прерогативой царя, а не правительницы.
Править державой Софья Алексеевна начала энергично. Первым делом Софья усмирила волнение, поднятое раскольниками, которые под предводительством Никиты Пустосвята добивались восстановления "старого благочестия". По распоряжению Софьи главных предводителей раскольников схватили. Никита Пустосвят казнен. Против раскольников были приняты суровые меры: их преследовали, били кнутом, а наиболее упорных предавали сожжению. Вслед за раскольниками были усмирены стрельцы. Начальник стрелецкого приказа князь Иван Андреевич Хованский, приобретший большую популярность среди стрельцов, был казнен. Стрельцы смирились. Начальником стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Федор Леонтьевич Шакловитый.В годы правления Софьи Алексеевны, опиравшейся в своей деятельности на князя Василия Васильевича Голицына, были сделаны небольшие уступки посадам и ослаблен поиск беглых крестьян, что вызвало недовольство дворян. Однако, «справедливости ради надо сказать, что, по отзывам даже противника Софьи, князя Куракина, ее семилетнее правление было великим благом для России: «никогда такого мудрого правления в Российском государстве не было»; «все государство пришло в цвет великого богатства»; «умножилась коммерция, всякие ремесла и науки почали быть восставлять латинского и греческого языку», «и торжествовала тогда довольность народная».
Во внешней политике наиболее значительными акциями правительства Софьи Алексеевны были заключение "Вечного мира" 1686 г. с Польшей, Нерчинского договора 1689 г. с Китаем, вступление в войну с Турцией и Крымским ханством.
Крымские походы (1687 и 1689) окончились неудачно. Во время первого похода была зажжена степь. В этом обвинили гетмана Самойловича, не сочувствовавшего походу. Он был снят, а на его место избран Мазепа. Войско принуждено было вернуться. Во втором походе русские дошли до Перекопа, начали переговоры о мире. Но переговоры затянулись, войску не хватало воды. Опять возвратились назад, не заключив мира
Этот поход совершенно уронил престиж фаворита Софьи – Василия