Большая часть каждодневных забот префекта касалась людей, занимавшихся снабжением ремонтной базы и комплектованием экипажей кораблей. Чиновники, занимавшиеся набором войска (dilectus), вероятно, составляли списки моряков и распределяли их по эскадрам. По прибытии в Мизенум или Равенну жизнь рекрутов определяли приказы претория префекта до самой демобилизации. Чиновники префекта зачисляли рекрутов в команды кораблей. Руководители учебных команд обучали новичков выполнению их обязанностей на море и на суше. Приказы из претория регулировали каждый день их деятельности. Проблемы слишком важные, чтобы их разрешение доверить офицерам корабля, доходили по цепочке субординации до самого префекта. Смертная казнь для предотвращения мятежей являлась прерогативой префекта, ибо морские префекты были явно освобождены от ограничений lex Iulia de vi publica (закона Юлия над обществом), «ut sine aliquo impedimento legis Iuliae per eos militare delictum coerceri possit» («чтобы иметь возможность бороться с военными пре ступлениями без препятствий со стороны закона Юлия»).[118] Контроль префектом различных стоянок флота не был столь непосредственным, а в некоторых случаях таким, какой имел место в castra в Риме, когда командира vexillatio (небольшого отряда кораблей) могли совершенно отстранить от должности. Тем не менее соответствующий префект располагал хотя бы номинальной властью над всеми моряками флотов Мизенума или Равенны. Если они отслужили свой двадцатишестилетний срок службы, должностным лицом, которое увольняло их и рекомендовало для награждения, был их префект. В официальном государственном вероисповедании флот воплощался в префекте, как легион в легате. Префект, несомненно, предлагал гениальному императору или покровительствующим божествам торжественные жертвы. Их требовали праздничные дни или неумолимо надвигающийся морской поход.[119]
Только в одном отношении другое ведомство имперской бюрократии посягало на властные полномочия префекта во флоте. Разделение военной и финансовой власти являлось нормой в системе власти Августа, и она распространялась также на флот. Имперский fiscus (учрежденная Августом, отдельно от общей государственной казны частная императорская касса, которой император мог распоряжаться совершенно самостоятельно) выделял средства на содержание флота в рамках своих общих расходов и осуществлял непосредственный надзор за распределением фондов на материальное обеспечение и оплату. Казначеями являлись рабы familia Augusti (семьи Августа), но отнюдь не моряки. Бухгалтеры также принадлежали, хотя бы частично, семье, но им могли помогать представители администрации префекта.[120]
Временами префекты обоих итальянских флотов действовали как гражданские посредники имперской власти. В senatus consultum (сенатском постановлении) от 177/178 года, призванном уменьшить бремя гладиаторских состязаний, воспроизводится положение: