Отделение волокон от семян осуществляется на машине, называемой волокноотделителем (джины, линтеры и т.д.). При повышенной засоренности волокна требуется дополнительная очистка на чистителях с барабанами и колосниковыми решетками. Затем следует разделение волокон по длине: хлопковые волокна от 20-25 мм, пух или линт (волокна длиной менее 20 мм) и подпушек или делинт (короткий волокнистый покров длиной менее 5 мм) [11].
На долю хлопкового волокна, которое перерабатывают в пряжу, приходится около 1/3 от общей массы хлопка-сырца. Небольшую часть хлопкового волока и пуха используют для изготовления медицинской ваты, прокладок, фильтров и др. Пух и подпушек применяют также в химической промышленности как сырьё, из которого вырабатывают искусственные волокна и нити, взрывчатые вещества и т.д. [11].
Далее хлопок-волокно прессуется в кипы массой 150 – 200 кг при плотности спрессованного волокна в кипе 0,5– 0,7 г/см3 и отправляется на склад готовой продукции или непосредственно на хлопкопрядильные фабрики. Партии кип классифицируются и оцениваются по длине, тонине, прочности и униформности (одинаковости) волокон. В советское время хлопкоочистительные заводы осуществляли прямые поставки хлопка-волокна на десятки и сотни различных текстильных предприятий страны в зависимости от потребностей текстильщиков в той или иной разновидности сырья. Система поставок регулировалась соответствующими министерствами и ведомствами. В настоящее время продвижение среднеазиатского хлопка на текстильные предприятия России осуществляется через цепочку торговых посреднических фирм, не связанных с производством [11].
Семена используют для посева, а также получения хлопкового масла. С целью получения хлопкового масла семена отправляют с очистительного завода на завод маслоэкстракционный или масложирокомбинат. Там из семян получают хлопковое масло, а на его основе производят мыло, глицерин, маргарин, смазочные материалы. После извлечения масла остается жмых (если масло выдавливают прессованием) или шрот (если масло экстрагируется органическими растворителями). Эти отходы идут для производства комбикормов или непосредственно на корм скоту. В некоторых странах эти отходы используют как удобрение [11].
После очистки и первичной обработки хлопок поступает на хлопкоперерабатывающие предприятия (как правило, они достаточно удалены от плантаций). Там хлопковое волокно разбивают и вычесывают до появления тонкой ленты, в которой все волокна располагаются параллельно.