Непосредственным результатом конфликта стало образование в империи двух военно-политических союзов протестантских и католических князей. В мае 1608 г. в Агаузене ряд немецких княжеств, в большинстве из которых официальной религией был кальвинизм, объединились в Евангелическую (Протестантскую) Унию во главе с Пфальцем. Помимо него, в Унию изначально вошли курфюршество Бранденбург, герцогство Вюртенберг, маркграфства Баден-Дурлах и Ансбах, имперские города Страсбург, Ульм и Нюрнберг. Члены союза утвердили координирующий орган – директорат во главе с пфальцграфом, создали собственную казну и вооруженные силы, управление которыми было поручено Христиану Ангальтскому (Ангальт-Бернбургу), назначенному генерал-лейтенантом. В последующие годы он фактически управлял текущими делами Унии и координировал ее дипломатическую деятельность. В качестве главной задачи союза декларировалась совместная защита, в том числе, вооруженная, от попыток католической реакции ограничить самостоятельность кальвинистов и лишить их земель, завоеванных в ходе Реформации.
В ответ в июле 1609 г. немецкие князья-католики по инициативе Баварии создали свой союз, названный Католической лигой. Туда преимущественно вошли южно-немецкие церковные княжества, такие как Аугсбург, Бамберг, Вормс, Вюрцбург, Пассау, Страссбург и некоторые другие. В 1610 г. к Лиге присоединились все три духовных курфюрста – кельнский, майнский и трирский архиепископы, что обеспечивало ей непосредственную поддержку папской курии. Также в католический союз вступили представители австрийских Габсбургов – эрцгерцоги Максимилиан и Фердинанд