В праздник Входа Господня в Иерусалим 386 г. императрица Юстина отправила солдат, чтобы захватить миланскую базилику силой, однако свт. Амвросий вместе с верующими заперся внутри и с песнопениями и молитвой в течение всей Страстной седмицы отстаивал право своей общины на этот храм. Предполагается, что в этот период святитель произнес свои знаменитые беседы на «Шестоднев» (Exaemeron), в которых использовал одноименное сочинение свт. Василия Великого.
В 388 г. императрица Юстина скончалась, а правителем западной части империи стал православный император Феодосий Великий, объединивший всю империю. Между ним и свт. Амвросием поначалу также складывались непростые отношения. Их характеризуют два исторических эпизода. В декабре 388 г. христиане сожгли синагогу в сирийском городе Каллиник (совр. Ракка в Сирии). Узнав об этом, император Феодосий приказал христианам того же города на свои средства восстановить синагогу. Вероятно, епископ Амвросий был приглашен ко двору как советник по религиозным вопросам (causa religionis)[20]. Он посчитал недопустимым, чтобы христиане строили иудейскую синагогу, в результате императору пришлось отменить свой приказ. Однако в 393 г. вышел закон, по которому синагоги разрушать все же запрещалось. Очевидно, что свт. Амвросий не был при дворе императора желанным гостем в связи с его несогласием с некоторыми взглядами императора Феодосия[21], несмотря на то, что император выступал как защитник Православия.
Следующее столкновение императора и епископа произошло в 390 г., когда в Фессалониках в ходе народных волнений был убит командующий войсками в провинции Иллирик гот Ботерих и несколько других готских военачальников. В ответ император отдал приказ жестоко подавить восстание, в результате чего пролилась кровь около семи тысяч невинных людей. Узнав об этом, свт. Амвросий написал императору гневное письмо[22], где отмечал, что не будет причащать его, пока тот не принесет покаяние. Святитель перечисляет в своем письме ветхозаветных царей, которые принесли покаяние, прежде всего, царя и пророка Давида. Когда пророк Нафан приходил к Давиду и изобличал его грех, Давид отвечал: согрешил я перед Господом (2 Цар. 12:13). После раскаяния он принес жертву, а в христианской Церкви такой жертвой является покаяние. По мнению Миланского святителя, царское достоинство не делает даже православного царя невиновным во грехе; наоборот, наказание за грех царя понесет все царство. В этой связи только смирение царя снимет грех с его державы[23]. Когда Феодосий пришел в Миланский кафедральный собор, где служил святитель, тот не допустил его ко причастию Святых Таин, поскольку,