Теория организации как понятие включает в себя теорию организаций как частный случай, имеющий более узкое, социальное приложение применительно к человеческим организациям.
В связи с этим использование концепций, законов, принципов и методов теории организации в теории организаций и наоборот вполне допустимо и правомерно.
Большую роль в развитии теории организации оказывает применение методологии и методов теории систем и кибернетики.
Современная теория организации и теория систем схожи в том, что они рассматривают организацию как интегрированное целое.
Из кибернетики теория организации использует принципы управления сложными системами, способы работы с информацией, модель обратной связи, методы поддержания стабильности систем в ходе изменений, контроля и регулирования.
Использование достижений кибернетики, теории систем и общеорганизационной науки позволяет перейти на новый современный уровень научной организации организаций.
Будучи социальной наукой, изучая социально-экономические организации, теория организаций имеет связь с целым комплексом как социальных, так и экономических наук, используя их методы и достижения.
Важнейшим элементом социальных организаций является человек, что требует при анализе и исследовании предприятий, фирм, компаний использовать результаты научных достижений, связанных с изучением человека, общества, социальных связей.
В новых условиях хозяйствования повышается значение использования творческих возможностей работников организаций в целях роста общей эффективности их работы. Использование знаний в области социологии, психологии, социальной психологии, антропологии при изучении организаций способствует более глубокому представлению о мотивах, стимулах, заинтересованности работников в результатах своего труда.
Так, психология выявляет условия, способствующие или мешающие рациональным действиям людей. Социология за счет изучения социальных систем расширяет методологические основы теории организаций. Социальная психология отвечает на вопросы, почему люди ведут себя в групповой деятельности так, а не иначе.
Теория организаций тесным образом связана с экономикой, экономической теорией, организацией производства.
Связь с экономикой определяется объективной потребностью формировать цель и стратегию организаций, как основу построения её структуры, а проблемы эффективности имеют отношения ко всем аспектам эффективной деятельности организаций. Многие положения теории организации положены в основу организации производства.
Велика связь теории организации с менеджментом.