По личному распоряжению Фунтикова был сформирован экстренный поезд. На него погрузили водку и продукты. 19 сентября Тиг-Джонс, Фунтиков и сопровождавшие их лица прибыли в Красноводск.
Молча, спокойно, один за другим вышли из камеры комиссары.
Их посадили в вагон экстренного поезда, который направился в сторону Ашхабада.
На рассвете 20 сентября поезд остановился на 207-й версте между телеграфными столбами № 118 и № 119. Из вагона вывели первую группу обреченных и у ребра песчаного перевала расстреляли. Затем вывели вторую группу.
Впоследствии, в 1920 году, группа рабочих во главе с председателем Казанджикского комитета партии Кузнецовым произвела раскопку четырех могил, в которых покоились останки двадцати шести комиссаров. Выяснилось, что комиссаров не только расстреливали, но и рубили шашками, отрубали им головы.
Убедительные доказательства виновности Фунтикова в гибели 26 бакинских комиссаров были собраны видным юристом В. Л. Чайкиным в феврале – марте 1919 года в Закаспийской области.
Получив разрешение на свидание с Фунтиковым и Седых – непосредственными участниками убийства бакинских комиссаров, Чайкин дважды, 1 и 2 марта 1919 года, встречался с ними в Ашхабадской тюрьме. В первое посещение Фунтиков и Седых ничего не говорили Чайкину об обстоятельствах казни комиссаров. 2 марта Седых сказал ему, что он и Фунтиков «в курсе всего».
Фунтиков указал, что расстрел бакинских комиссаров произведен по предварительному соглашению между главой английской миссии в Ашхабаде Тиг-Джонсом и членами закаспийского «правительства».
В 1920 году Революционный военный трибунал в Баку приговорил к расстрелу Алания – непосредственного участника расстрела бакинских комиссаров.
В апреле 1921 года выездной сессией Революционного военного трибунала Туркестанского фронта рассматривалось дело Яковлева, Германа, Седова, Баклеева, Долгова, Юсупова и других участников расстрела.
Самостоятельное дело по обвинению судовой команды и командира парохода «Туркмен» Полита в предательском изменении курса, в результате чего комиссары попали в руки английских оккупантов и белогвардейского закаспийского «правительства», рассматривалось Верховным судом Азербайджанской ССР. Все виновные получили по заслугам.
…Военная коллегия Верховного суда СССР, признав Фунтикова виновным в организации контрреволюционного восстания и захвате власти в Закаспийской области, в преступной связи с английским командованием, с целью склонения его к вооруженному вмешательству в дела Республики Советов, и в организации и осуществлении террористических актов, жертвой которых стали девять ашхабадских и двадцать шесть бакинских комиссаров, то есть в совершении преступлений, предусмотренных