Непонятно и другое: почему не дали завершиться следствию? Каплан была расстреляна 3 сентября 1918 года по личному указанию главы государства Я. М. Свердлова.
Батулин, задержавший Каплан 30 августа в заводском дворе, где прозвучали выстрелы в Ленина, в первом варианте показаний заявил, что, когда от выстрелов люди стали разбегаться, он заметил женщину, которая вела себя странно. На его вопрос, зачем она здесь и кто она, Каплан ответила: «Это сделала не я». Во втором варианте показаний, написанных 5 сентября, уже после того как газеты оповестили о расстреле Каплан, Батулин признал, что не слышал выстрелов, полагая, что это обычные моторные хлопки, что человека, стрелявшего в Ленина, он не видел. Но он побежал, как все, и увидел у дерева женщину с портфелем и зонтиком в руках. «Я спросил эту женщину, зачем она сюда попала. На эти слова она ответила: „А зачем вам это нужно?“ Тогда, обыскав ее карманы и взяв ее портфель и зонтик, предложил ей идти за мной. По дороге я ее спросил, чуя в ней лицо, покушавшееся на тов. Ленина: „Зачем вы стреляли в тов. Ленина?“ – на что она ответила: „Зачем вам это нужно знать?“ – что меня окончательно убедило в покушении этой женщины на тов. Ленина».
Подобные «свидетельства», дополненные путаными признаниями Каплан (часть протоколов ее допросов ею не подписана, графологической экспертизы не было проведено, и непонятно, кто писал протоколы «признаний»), вызывают сомнения в том, что стреляла именно она.
Кандидатура Каплан удовлетворяла организаторов покушения: никого не выдаст, никого не знает, но «примет удар на себя». Всё знали лишь те, кто организовал покушение, кто не дал завершить следствие, а позже из следственного дела выдрал несколько страниц. Это произошло, скорее всего, в 1922 году, когда для процесса над лидерами правоэсеровской партии важно было показать преступление одного из ее членов. Выдранные же страницы, по косвенным данным, содержали свидетельства тех, кто утверждал, что в Ленина стреляла не женщина, а мужчина. Тем более что Ленин, обернувшись на выстрел, наверное, был единственным, кто видел стрелявшего.
Среди современных исследователей есть те, кто считает, что Каплан не была эсеркой и не стреляла в Ленина. Последние называют тех, кто бы мог тогда это совершить: Л. Коноплеву и 3. Легонькую, А. Протопопова и В. Новикова.
С осени 1918 года Коноплева сотрудничает с ВЧК, в 1921-м – вступает в РКП(б) по рекомендации Н. И. Бухарина, М. Ф. Шкирятова и И. Н. Смирнова. В 1922 году она разоблачала своих бывших коллег по эсеровской партии, а затем работала в 4-м управлении штаба РККА. В 1937 году ее обвинили в связях с Бухариным и расстреляли.
З. И. Легонькая – водитель трамвая, большевичка, участвовала в обыске Каплан. В сентябре 1919 года по доносу была арестована как принимавшая «участие в покушении на Ленина». Она быстро представила алиби: в день покушения находилась на занятиях в инструкторской коммунистической школе