В то время пришел к нему и вел. князь и, видя его плачущего, стал его утешать, думая, что он плачет о своем пожарном разорении. «Отче, господине! – говорил вел. князь, – не скорби. Так Бог изволил. А что двор твой погорел, то я сколько хочешь хором тебе дам, или какой запас погорел, то все у меня бери». А святитель после многих слез стал изнемогать, тут же ослабела у него рука, потом нога, и стал просить вел. князя отпустить его в монастырь. Вел. князь не пожелал отпустить его в дальний загородный монастырь, но поместил в кремлевском Троицком Богоявленском монастыре. Святитель, чувствуя приближение своей кончины, тотчас послал за своим духовником, исповедался, причастился и соборовался маслом.
На смертном одре он говорил и приказывал вел. князю только об одном, чтобы церковь была совершена. В это время она была возведена до большого пояса, до половины, где начали делать киоты святым на всех трех стенах (для написания в киотах ликов святых).
После того святитель стал приказывать о церковном деле Владимиру Григорьевичу (Ховрину) и сыну его Ивану Голове, казначеям вел. князя: «Только попечитесь, – говорил святитель, – а то все готово на совершение церкви». Также и прочим приставникам церкви все о том, не умолкая, говорил, и о людях, которых искупил на то дело церковное, приказывал отпустить их всех на волю после своей смерти. Подав всем благословение и прощение, он скончался 5 апреля, в исходе первого часа ночи, 1473 г. Многие тогда говорили, что он видение видел в церкви.
По кончине открыли на нем два креста железные и вериги, великие цепи железные, которые и ныне всем видимы на его гробе, замечает летописец, а до того времени никто того не знал – ни духовник его, ни келейник. 7 апреля совершилось его погребение в недостроенном его храме в присутствии вел. князя, его семьи, бояр. Весь народ града Москвы собрался на погребении; но из духовных властей был только один епископ, тот же Прохор Сарайский, при котором происходила и закладка храма.
Припоминая время постройки первого храма Богородицы при св. митрополите Петре, видим, что некоторые обстоятельства сходствуют с обстоятельствами постройки и этого нового храма. И святитель Петр имел видение о скорой своей кончине и потому, призвав к себе Тысяцкого Протасия, передал ему большую сумму, завещая употребить ее на сооружение церкви и доверяя ему попечительство об этом сооружении. Так и митрополит Филипп особенно возлагал такое попечительство на Ховриных, говоря им, что для строения у него все приготовлено, только бы они позаботились, чтобы дело шло правильно к окончанию. И первый святой строитель собора и второй его строитель в более обширном объеме и виде, по воле Божией, не дожили до окончания постройки и были погребены среди еще непокрытых ее стен, и тот, и другой с северной стороны, первый в алтаре, второй в самом храме близ Северных дверей, посторонь Ионы митрополита