Когда приступили к гробу Ионы митрополита и сняли с него доску, в тот час «изыде из гроба блогоухание много по всему храму; мощи же его явились всей целы и нерушимы, прилпе бо плоть кости его и не двигнушася составы его».
Гробницу его поставили на левой стороне собора в углу северо-западном. Тут же вскоре от мощей св. Ионы последовали чудные исцеления хромого отрока 6-ти лет и некоего Рязанца, имущего внутри болячку. Множество народа стало прикладываться к мощам и при этом наметало немало серебра, которое митрополит все отобрал у попов на созидание церковное.
У митроп. Фотия обрели в теле едины только ноги, а Киприана обрели всего истлевша, оставались едины кости.
В это же время в пределе св. Димитрия Солунского вынули из стены и мощи первого великого князя Москвы, Юрия Даниловича, вложили их в деревянную раку и поставили на гробе Феогноста митрополита, где была церковь Поклонения Вериг, а потом, когда в новом здании уготовано было место для гробницы, поставили ее в стене же и на той же стороне в том же пределе св. Димитрия. Перенесение было совершено митрополитом с священным собором, в присутствии вел. князя, его сына и множества народа.
С великим освящением и с установлением даже особого празднования были перенесены мощи св. Петра митрополита.
Митрополит Филипп пожелал попревозвышено положити мощи святого в новой церкви, но на прежнем же месте, возле жертвенника, и сказал о своем желании вел. князю, который ответил, что это дело не его меры, а митрополичье и всего освященного собора, и предложил собрать для этого всех епископов и всю духовную власть, что и было исполнено.
Пока собиралось духовенство, святитель 14 июня в ночь с воскресенья на понедельник пришел к гробу святого и повелел священникам разобрать над мощами надгробницу, а сам с ними со страхом и обливаясь многими слезами помышлял: угодно ли это будет святому, что поднимут его мощи. Разобрали надгробницу и увидали гроб весь распавшийся от бывшего огня, а мощи, яко свет блещашися, ничто к ним не прикоснулось и благоухание многое исходяще от них. Говорили об этом так, что гроб в Тохтамышево нашествие Татары разорили, предполагая, что в нем скрыто какое-либо сокровище; потом в общем пожаре города погорел и гроб святого, но мощей и дымная воня не коснулась. Ризы на святом сверху также погорели, а под мощами остались целы. Митрополит со страхом и с радостью переложил