С 1 августа 1812 г. Паррот вновь, в третий раз вступил в должность ректора Дерптского университета. Если вспомнить, что предыдущее его пребывание в этой должности в 1805/1806 г. было связано с данным императору твердым обещанием удерживать студентов в Дерпте от каких-либо беспорядков, то можно предположить, что и в этот раз Паррот согласился стать ректором из желания как-то помочь Александру I в самую трудную пору его жизни: профессор добровольно принимал на себя обязанности главы университета в разгар Отечественной войны, проявляя тем самым и любовь к родине, и любовь к ее императору (что для Паррота, бесспорно, означало одно и то же).
Однако он не учел, что, по-видимому, впервые в жизни столкнется с противодействием внутри университетской корпорации, которое исходило от профессоров, столь же любивших науку и ненавидевших Наполеона, но более молодых, чем Паррот. Во главе этой «партии» стоял блестяще образованный русский филолог, поэт, друг В. А. Жуковского, 29-летний Андрей Сергеевич Кайсаров[156]. Возможно, ему и близким к нему по возрасту профессорам казалось, что давно уже разменявший пятый десяток лет и к тому же страдающий от периодического обострения болезней Паррот не способен к активному управлению университетом, которое требуется во время войны, или – что более вероятно – особая доверительная связь Паррота с императором, о которой знали все в Дерпте, приведет к тому, что его управление не будет учитывать мнение коллег и окажется слишком своевольным, а это могло бы негативно сказаться в критические минуты. Так или иначе, но Паррот был избран ректором с перевесом против Кайсарова всего в три голоса (из почти тридцати принявших участие в голосовании). Александр I утвердил результаты этих выборов, находясь в Дрисском лагере[157].
С течением времени война приближалась к Дерпту. 12 июля 1812 г., ровно через месяц после перехода французов через Неман, были сожжены предместья Риги, в результате чего тысячи людей остались без крова и средств к существованию. Беженцы оттуда достигли Дерпта, а вместе с ними пришли и слухи, что возвышенная позиция, на которой находились университетские сооружения, и каменный мост через реку могут стать новым рубежом обороны русской армии. Профессора всерьез вели между собой разговоры о возможном отъезде в глубь России. В этих условиях Паррот выказал необходимое мужество – в своей речи на университетском празднике 13 августа он говорил об обязанностях гражданина на войне, призвал профессоров, студентов и всех присутствующих горожан оказать помощь жителям сгоревшей Риги и тут же объявил для этого сбор денег по подписке[158].
Совместные проявления патриотизма, увы, не смогли погасить внутренние конфликты в профессорской среде. Хотя Кайсаров еще в июне уехал в армию, но его друг и единомышленник по университету, приглашенный в Дерпт в 1811 г. на кафедру анатомии, профессор Карл Фридрих Бурдах развернул активное противостояние