Главной заслугой Паррота – не только перед Дерптским университетом, но и перед системой высшего образования в Российской империи в целом – явился его вклад в утверждение университетской автономии. Источником этого понятия были традиции и права ученой корпорации, восходившие к Средневековью, но и в Новое время служившие привычной, неотъемлемой основой университетской жизни, в особенности для профессоров, приглашаемых в Россию из-за границы. Именно из них в абсолютном большинстве состоял Дерптский университет, однако его кураторы, избранные местным дворянством, смотрели на проблему автономии по-другому, исходя из концепций эпохи Просвещения, согласно которым желание повысить качество преподавания вело к установлению плотной опеки над университетом и лишало профессоров определенных корпоративных прав[63]. Так, в Дерпте разгорелся сперва скрытый, а затем и явный конфликт между кураторами и учеными: перед открытием университета профессора поставили под сомнение формулу присяги, где они клялись «выказывать послушание кураторам как законному начальству», а также соблюдать составленные последними, но еще не утвержденные высочайше «статуты» университета[64]. В августе 1802 г. под председательством Паррота (как проректора) Совет Дерптского университета обсудил эти «статуты» с целью внести в них ряд изменений, но 30 сентября Коллегия кураторов, изучив предложения профессоров и похвалив в принципе их старания на благо университета, отказалась одобрить эти поправки. Тогда Паррот решил, что сможет добиться их принятия путем личной встречи с Александром I в Петербурге. Именно для этого он предложил издать Акт постановления Дерптского университета (который, как тип документа, восходил к средневековым императорским грамотам) с перечислением всех его привилегий, а полный Устав утвердить позже.
Процесс редактирования Акта в ноябре 1802 г. был длительным и довольно сложным: судя по архивным документам, самому Александру I четыре раза приходилось лично заниматься внесением правки в отдельные параграфы Акта, каждый раз идя навстречу настойчивым просьбам своего друга, сближение с которым только начиналось[65]. Этот вопрос занял заметное место уже на первой личной аудиенции 26 октября 1802 г. Паррот вспоминал: «Я вынул из папки мой проект Акта постановления и хотел пройтись по его основным позициям вместе с императором. „Нет, нет, – сказал он, – я согласен с Вами почти по всем