Том «Ё-нин» разделён на три части. В первой части описываются способы внедрения в княжество противника под общим названием «то-ири» (проникновение «издалека»), то есть задолго до начала военных действий.
Во второй части, рассмотрены способы проникновения к противнику, в военное время и непосредственно из своей полевой ставки. Это так называемые способы «тика-ири» (проникновения с «близкого расстояния»).
Третья часть тома «Ё-нин» посвящена способам наблюдения за противником, оценки на глаз расстояний, высоты гор и замковых стен, глубины замкового рва, оценки численности противника, видимым признакам его силы и слабости.
Далее следует раздел «Ин-нин» (свитки с одиннадцатого по пятнадцатый), в котором Фудзибаяси описывает способы проникновения, кражи, ночного нападения и пленения противника. Он пишет:
«Не следует думать, что эти действия являются недостойными для синоби. Ночная атака без знания ниндзюцу не будет эффективной. Также и ниндзя без знания о том, как атаковать ночью, не сможет достичь подлинного успеха в ниндзюцу. Захват кого-либо, однако, не является целью истинного пути ниндзя. Но в наше время, это рассматривается как работа ниндзя, и следовательно, я кратко описал эти техники, что были переданы с древних времён. Изначально эти техники не были включены в ниндзюцу, так как это не задача ниндзя, а задача простых воинов».
Том «Ин-нин» также разделен на пять частей. Первая и вторая части описывают различные способы проникновения в замок противника. Третья часть посвящена способам проникновения в дом и маскировке на местности. Четвертая часть рассматривает устройства различных типов замков, засовов и запоров, способы взлома дверей и ворот. Заключительная, пятая часть тома «Ин-нин» говорит о ночных атаках ниндзя и способах захвата противника в плен.
Свитки шестнадцатый и семнадцатый содержат раздел «Тэндзи» («Небесные циклы») Это главы о наблюдении за небом, об астрономии и астрологии. В них описываются методы прогнозирования погоды, даются подробные таблицы приливов и отливов, лунных и солнечных затмений, а также способы предсказаний, основанных на китайской астрологии. В этом томе явственно чувствуется дух эпохи, в которую был создан трактат: эзотерические знания поставлены на службу военному делу и соседствуют с реальными сведениями из астрономии и географии того времени.
Завершает «Бансэнсюкай» раздел «Нинки» («Инструменты ниндзя»), содержащийся в свитках с восемнадцатого по двадцать второй,