Надо сказать, что материалы, собранные о личности и деятельности патриарха Досифея, Каптерев смог неоднократно использовать в своих работах. Так, части, посвященные Досифею, занимают большой объем в таких его работах, как «Характер отношений России к православному Востоку» и «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», и это не говоря уже об отдельном названном выше сочинении, посвященном собственно Досифею, принесшем Каптереву степень доктора церковной истории. Все они представляют набор одних и тех же сведений, одних и тех же цитат, практически не отличаясь друг от друга.
В 1890-х годах к Н.Ф. Каптереву стало приходить не только общественное и научное, но и официальное признание. Может быть, это было связано с ослаблением позиций К.П. Победоносцева и уходом на пенсию Н.И. Субботина.
Масштабные достижения в деле исследования русско-греческих церковных связей принесли Каптереву заслуженную известность в научных кругах. В 1894 г. он избирается действительным членом «Общества истории и древностей российских» при Московском университете. В 1894 г. приходит признание и по другой линии – его избирают старостой Сергиева Посада на четыре года, а в 1898-м переизбирают на следующий срок. На этом посту он предпринял ряд мер по благоустройству города и улучшению его образовательных заведений.
В 1895 г. вышла его книга «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», за которую в 1899 г. он получил очередную половинную премию митрополита Макария.
В 1896 году Советом Академии Н.Ф. Каптерев был выдвинут на должность ординарного профессора и, несмотря на происки своих недоброжелателей, утвержден в этой должности 3 января того же года, а спустя два года, 27 января 1898 года, был награжден уже званием заслуженного профессора. С 1896-го и до 1905 года он также состоял членом Совета Академии.
В мае 1896 года Н.Ф. Каптерев как городской староста от имени жителей Сергиева Посада приветствовал августейших паломников, императора Николая II Александровича и императрицу Александру Федоровну, которые после коронации в Москве, по традиции, приехали на богомолье в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру.
Николай Федорович Каптерев не состоял членом Императорского Православного Палестинского Общества, созданного с целью поддержания Православия на Святой Земле, организации и помощи русским паломникам в их путешествии в Палестину и пребывании в ней, а также научной и популяризаторской деятельности. Тем не менее круг научных занятий Каптерева тесно соприкасался с историей русско-палестинских связей. Поэтому в «Православном Палестинском сборнике» за 1895 год была опубликована его монография «Сношения