Впрочем, несмотря на трудности, связанные с присуждением степени доктора, Каптерев еще до защиты своей диссертации в Совете имел возможность получить некоторое признание за свой труд, которому была присуждена Макарьевская премия в размере 500 рублей, которую он, впрочем, из-за происков все того же Субботина так и не смог получить.
В 1888 г., когда Св. Синод отказался утвердить за Каптеревым степень доктора церковной истории, Академия Наук присудила ему за его труд Уваровскую премию.
Эта эпопея с первым большим печатным трудом Каптерева завершилась в 1914 году вторым изданием «Характера отношений России к православному Востоку», осуществленным без изменений, за исключением пагинации.
Следует еще раз отметить безусловную научную ценность данной работы, содержащей в себе огромное количество подлинного архивного материала, характеризующего различные аспекты отношений России с православным Востоком в XVI и XVII веках. Впрочем, в силу того факта, что работа Каптерева построена почти исключительно на данных архивных актов практически без учета других источников, она несет в себе определенную ограниченность и не позволяет делать масштабных выводов о состоянии церковно-политических дел на Востоке и в России. Именно поэтому к выводам автора следует относиться как к предварительным замечаниям, сделанным на основании изучения лишь одной группы источников. Данную работу следует скорее рассматривать как ценную подборку архивных материалов, и как таковая она, к сожалению, имеет серьезные недостатки.
В самом деле, перед нами не история отношений России и православного греческого Востока, а лишь ее набросок, опирающийся на одну группу источников, изданных не целиком, а приведенных в выписках самого Каптерева. И потому отношение к данному труду не может не быть несколько настороженным: естественно возникает вопрос о критериях отбора материалов и его полноте. Перед нами исследование, претендующее на выдвижение серьезных обобщений по заданной теме, сводящееся, впрочем, к тому, что автор делает очевидные наблюдения над содержанием прочитанных и приводимых им в выдержках документов. Большим недостатком метода работы Каптерева является его манера в качестве вывода тут же, и причем довольно пространно, пересказывать приведенный им документ своими словами, хотя это является совершенно излишним (причем непомерно увеличивает объем текста), так как содержание документа вполне однозначно и ни в каком толковании не нуждается. Это, а также чрезвычайно многочисленные повторы одних и тех же мыслей, выраженных одними и теми же словами, заставляет судить о способе подачи Каптеревым материала как далеко не оптимальном. Таким образом, как к настоящему, так и к остальным трудам Каптерева по истории сношений России с Востоком приходится относиться как к своего рода корпусу сведений по отдельным аспектам этих сношений при малой доступности самих хранящихся в архивах подлинных документов, как в их русском переводе,