В соборе Спаса на Бору «Рихтер… вначале произвел натурные исследования, выявив три строительных периода в истории храма. Затем он разобрал поздние пристройки, восстановил первоначальное завершение, вернул окнам древнюю форму» (9, с. 233).
Отличия в архитектуре собора на поздних фотографиях и на упомянутой гравюре заключаются прежде всего в расчистке заложенных проемов, прежние формы которых явно читались в виде заглушенных, но намеренно оставленных заметными арок, внутри которых находились маленькие окна. Особенно хорошо это заметно на вторых этажах обеих двухэтажных башенок, фланкирующих западный фасад, где размещались звонницы и малые придельные церкви. При этом проемы в звонницах оставлены открытыми, а в приделах устроены окна. Это же относится и к средней части западного фасада, где на месте маленького прямоугольного дверного проема, обрамленного случайно расположенными окнами, восстановлен главный вход в собор с перспективным порталом. Убрана наружная лестница, которая вела в помещение звонницы и в северо-западные приделы. Там, где это можно увидеть, сохранена треугольная форма кровель. Трудно судить только по фасадам об изменениях во внутренней планировке, но можно заметить, что маленькие главки, отмечающие места придельных церквей, оставлены на месте и практически без изменений их формы. Оценивая реконструкцию собора Ф. Ф. Рихтера в целом, можно сказать, что, несмотря на несколько нарочитую стилизацию, она выполнена вполне профессионально, с явным стремлением сохранить не только отдельные детали и формы, но и передать целостный величественный облик этого небольшого сооружения.
На плане Москвы Комитета городского хозяйства, выполненном Н. Белоусовым в 1849–1850 гг. (не публиковался), собор показан в центре сильно уменьшившегося в размерах и полностью замкнутого двора размерами примерно 46 × 59 м. Уменьшение размеров двора было связано со строительством нового Большого Кремлевского дворца. Стены храма отстояли от стен дворца не более чем на 25 м. К этому же времени относятся чертежи собора, выполненные известным московским архитектором А. А. Мартыновым, автором трудов по истории русского зодчества, участвовавшим в 1840-х гг. в строительстве дворца. План и разрез собора, выполненные по чертежам А. Мартынова, приведены в книге И. Л. Бусевой-Давыдовой (9, с. 231–232). Также там приведена интересная