Вопрос о прописке в столице затягивался, и в то же время в разгар репрессий ученого не тронули, из Москвы не выслали. Удачнее получилось с устройством на работу. Помогли коллеги, особенно Д. Н. Ушаков (см. очерк «Человек-словарь»). Помог опальному ученому и преемник уже умершего Н. Я. Марра академик И. И. Мещанинов, в мае 1937 г. написавший в Наркомпрос положительный отзыв о научной его деятельности, в том числе и о запрещенной книге «Язык революционной эпохи» (хотя Селищев и Мещанинов во всех отношениях были далеки друг от друга). Ушаков тогда заведовал кафедрой русского языка в МИФЛИ, где постепенно начали восстанавливать преподавание славянских языков. С осени 1937 г. Селищев начинает там работать, одновременно Р. И. Аванесов устраивает учителя на свою кафедру в Московский городской педагогический институт (МГПИ). Литературовед Г. А. Соловьев, тогда студент МИФЛИ, будет вспоминать: «Нас знакомил с польским языком высокий, сутулый, седой и подслеповатый старик Афанасий Матвеевич Селищев, обаятельный и трогательный в свой бесконечной любви к польской поэзии. И мы твердили по-польски стихи (А. Мицкевича. – В. А.) о Будрысе и его трех сыновьях». А ведь «старику» было едва за пятьдесят.
Но беды все не кончались. Селищев даже в лагере оставался членом-корреспондентом, и «академическое жалованье» ему начислялось. Но в апреле 1938 г. Общее собрание Академии наук вместе с расстрелянными и осужденными академиками и членами-корреспондентами исключило из своего состава живого и уже преподававшего в московских вузах Селищева. В постановлении было сказано, что пребывание его и других исключаемых в составе Академии «позорит звание советского члена-корреспондента». Дело было не в потере небольшого в то время жалования: как пишет С. Б. Бернштейн, Селищев «вел спартанский образ жизни, был совершенно безразличен к пище, к вещам». Но моральный удар был тяжелым. Восстановят Афанасия Матвеевича в Академии наук лишь посмертно в 1957 г.
Следующий 1939 г. оказался для ученого связан и с радостными, и с нерадостными событиями. Смена Н. И. Ежова Л. П. Берией внушала надежды. Селищев возобновил ходатайства о прописке и на этот раз ее получил по личному распоряжению Л. П. Берии 8 апреля 1939 г. Одновременно такое же разрешение получил и его товарищ по несчастью В. В. Виноградов. Однако Афанасию Матвеевичу выделили лишь комнату в общежитии МГПИ.
Но в том же году над Селищевым сгустились тучи в МИФЛИ. Летом он сам подал заявление об уходе, объясняя причины в письме Д. Н. Ушакову: «Мне казалось, что для Вас не подлежит сомнению обоснованность моего отказа от ИФЛИ. До сих пор мне тяжело вспомнить о некоторых моих обстоятельствах работы там. ИФЛИ – это НИЯз с несколько утонченными манерами… Нет, не могу я работать в этой атмосфере».
Однако ученый продолжал преподавать в МГПИ, начал он работать