Однако дело приняло иной оборот. За члена академии вступились, и через полгода после увольнения нарком просвещения А. С. Бубнов восстановил на работе и Селищева, и Бернштейна. Бочачер к тому времени из института исчез (в 1939 г. он будет расстрелян). Но и после этого институтские «вождята», как их называл В. Н. Сидоров, не давали покоя. Однако и «вождятам» (и вместе с ними всем сотрудникам института) дорого обошлись их выступления против Марра. Из-за этого весной 1933 г. НИЯз был закрыт, а его сотрудники разбрелись кто куда, некоторые долго оставались без работы. Селищев не имел работы около полугода, потом он добился зачисления в Институт славяноведения АН СССР, только что открывшийся в Ленинграде, куда он теперь должен был периодически ездить.
Но худшее было впереди. Скоро поездки в новый институт объявят «связью между московским и ленинградским центрами», институт менее чем через год закроют, а большинство его сотрудников арестуют. Сам Афанасий Матвеевич будет арестован в ночь на 8 февраля 1934 г. по одному делу с героем очерка «Никуда не годный заговорщик» Н. Н. Дурново и взятым в одну ночь с Селищевым будущим академиком В. В. Виноградовым.
Поведение подследственных оказалось различным. Если мягкий интеллигент Н. Н. Дурново сдался сразу, то у Селищева проявилась его крестьянская натура: он выдержал все допросы (бить тогда еще не полагалось, но психологические методы воздействия были очень тяжелыми). 29 марта 1934 г. был вынесен приговор: для Селищева – пять лет лагерей.
Срок заключения ученый (остававшийся все это время членом-корреспондентом Академии наук) отбывал в лагере около Караганды. Ему удалось попасть в сравнительно спокойную обстановку на метеорологическую станцию, он вел какие-то преподавательские занятия в лагерном учебном комбинате, считался ударником. Тогда еще существовала отмененная в 1938 г. система зачетов: при хороших работе и поведении можно было рассчитывать на досрочное освобождение. Учитывалось и «социальное происхождение»,