Марра иногда и сейчас, особенно в среде петербургских востоковедов, считают «небожителем», пусть заблуждавшимся, но жившим исключительно в мире высокой науки. То есть, как сказано в басне Крылова, «лев бы и хорош, да все злодеи волки», то есть «подмарки». Действительно, Марр прямо не участвовал в борьбе с «поливановщиной» и «Языкофронтом», не был в числе авторов сборника против «контрабандистов». Но это была позиция «живого гения», которому не следовало снисходить до ничтожных противников. А воспоминания показывают, как сам Николай Яковлевич направлял борьбу. Его ученик И. В. Мегрелидзе (один из немногих, кто сохранил верность учителю с 30-х до 90-х гг.) писал, как тот советовал ему ударить по противникам: «они разводят реакционные мысли, и их называть контрабандистами мало». А брошюру П. С. Кузнецова (см. очерк «Петр Саввич») против учения Марра академик назвал «китайской бомбой» (намек на советско-китайский конфликт на КВЖД). «Вулкан, действовавший в едином огне и сотрясавший все вокруг», был страшен в гневе и обрушивал потоки лавы на своих противников и просто на тех, кто работал независимо от него. От ударов громовержца страдали не только лингвисты, но и историки, археологи, востоковеды. 1929–1933 гг. были тяжелыми годами для гуманитарных наук в СССР, в том числе и из-за роли Марра.
Марр, казалось, добился очень многого. Безвестный юноша, приехавший в столицу из глухой провинции, пробивший дорогу себе сам, стал знаменитым ученым, при жизни его называли великим. Выходили цитатники его трудов, чего в стране, кажется, более никто, кроме Сталина, при жизни не удостаивался. Одним из первых он получил орден Ленина.
Но нельзя думать, что он так уж был во всем благополучен. И в этой жизни бывали свои беды и страдания. Трагической оказалась судьба его детей. Из четверых двое умерли в младенчестве, один из сыновей в годы Гражданской войны были призван в Красную армию и умер там в 23 года от тифа. Последний оставшийся сын Юрий, также ставший востоковедом (иранистом), к тому же поэт-футурист (его поэтическое наследие и сейчас изучают), совсем молодым заболел туберкулезом, отец послал его жить на туберкулезный курорт в Абастумани, но Юрий так и не выздоровел и умер в 42 года, правда, на год пережив отца. А мать пережила всех детей! Все основные материалы экспедиции в Ани ученый в годы Гражданской войны отправил из Петрограда в Закавказье для предполагавшегося музея, по дороге на поезд напали бандиты, и все пропало (а Ани после войны оказался на турецкой территории и стал недоступен).