Главной целью обучения было образование богословское. Но прежде вводился подготовительный курс общего образования, состоящий, кроме риторики и философии, из изучения языков, математики, географии и истории. Весь курс был рассчитан на восемь лет, из которых на богословие как на главную науку отводилось два последних года обучения. Рекомендовалось также создать «при академии, или вначале и без академии семинариум для учения и воспитания детей, каких вымышлено немало в иноземных странах». Закрытые воспитательные заведения считались в то время лучшими в Западной Европе. «Место Академии не в городе, но в стороне на веселом месте угодное, где несть народного шума, ниже частыя оказии, которыя обычно мешают учения, и находит на очи, что похищает мысли молодых человек, и прилежать учением не попускает»[18].
Устройством своим семинарский дом должен походить на благоустроенный монастырь: «Построить дом образом монастыря, которого пространство и жилье, и всякие к пропитанию и одеянию и прочим нуждам припасы были против числа детей (каково определено будет по воле Царского Величества), пятьдесят, или семьдесят или больше, також и потребных управителей и служителей»[19]. Расселять учеников следует по возрастному принципу: «В дому том имеют жить дети, и уже большого возраста юноши, по осьми или девяти человек в единой избе. Обаче с таким расположением: большие во единой, средние в другой, малые в третьей избе»[20].
За учащимися следует организовать постоянный надзор. Роль надзирателя поручается специальному человеку, из неученых, но благонадежных, кроме того, и ученые монахи должны быть всегда рядом в качестве наставников: «Во избе (сколько оных будет) имать быть префект, или надсмотрщик, человек, хотя не ученый, обаче честного жития: только б не вельми свирепый и не меланхолик, летами от 30, до 50 году. А дело оного сие: насматривать, чтоб между семинаристы (так воспитываемые в дому том нарицаются) не было ссор, драки, сквернословия и всякого бесчиния, и чтоб во уреченные часы всяк делал что должно. А всяк бы семинарист из избы своей без его благословения не исходил, и то со объявлением причины, куды и для чего исходит. В том же дому подобает быть хотя б трем ученым монахом или мирским. Из которых един будет Ректор, дому всего управитель, а два эксаминаторы, сии есть, розыщики учения, как кто учиться лениво или прилежно»[21]. Для нарушителей дисциплины предусматривались и наказания: «Во всякой избе Префект имеет власть наказывать себе подчиненных за преступление: но малых розгою, а средних и больших словом угрозительным. А потом, на не исправляющихся, доносить Ректору»[22].
Распорядок дня должен неукоснительно исполняться: «Определить времена ко всякому делу и покою семинаристом: когда спать ложиться, учиться, когда вставать, молиться, учиться, итить на трапезу, гулять и прочая. И свои бы оные часы колокольцем означать, и