Между тем Новиков никогда не скрывал своих взглядов. Когда его обвинили в том, что он завлек в масонскую ложу секретаря московской конторы Тайной экспедиции Кочубеева, Новиков объяснил, что того специально приняли в ложу, думая, что он делает это по приказу начальства для наблюдения за масонами. Тайная экспедиция арестовала нескольких единомышленников Новикова, принадлежавших к ордену розенкрейцеров. Некоторые из арестованных, например студент М.И. Невзоров, оказались крепкими орешками даже для Шешковского. Проходивший по тому же делу И.В. Лопухин писал: «Невзоров был болен и не мог отвечать; да и нечего отвечать было, а Шешковский думал, что он упрямится и таит нечто важное. “Знаешь ли, где ты?” – говорит ему Шешковский. Невзоров: “Не знаю”. Ш[ешковский]: “Как не знаешь, ты в Тайной”. Н[евзоров]: “Я не знаю, что такое Тайная, пожалуй, схватят и в лес завезут в какой-нибудь стан… да скажут, что это Тайная, и допрашивать станут”».
Тайная экспедиция не разбиралась в масонских течениях. Единомышленников Новикова обвиняли в пособничестве Французской революции, хотя розенкрейцеры были последовательными противниками народных выступлений. Впрочем, все масоны остались на свободе. Что же касается самого Новикова, то ему так и не смогли предъявить конкретных обвинений. Тем не менее он пробыл в Шлиссельбургской крепости до смерти Екатерины II.
Павел I (1796–1801 гг.) сделал несколько либеральных жестов. Он освободил Новикова и вождя польских повстанцев Тадеуша Костюшко. Однако его недолгое царствование запомнилось современникам как разгул произвола. В самом начале своего правления он пытался возродить обычай письменных доносов. На стене Зимнего дворца повесили ящик, куда каждый желающий мог положить сообщение для императора. Царь открывал его собственным ключом. Но в конце концов Павлу I пришлось отказаться от этой затеи, так как в ящик бросали ругательные письма и памфлеты против самого императора.
В некоторых мемуарах утверждается, что Павел I возродил методы следствия, характерные для времен Анны Иоанновны. Но надо учитывать, что Павел I, подобно своему отцу Петру III, вызвал сильное недовольство дворян. Известны сотни случаев, свидетельствовавших о непредсказуемости и сумасбродстве Павла I, но нет достоверных сведений о применении пыток в его царствование.
Вместе с тем царь сохранил Тайную экспедицию. Ее возглавлял А.С. Макаров, начавший карьеру под покровительством Шешковского и занявший место начальника после его смерти в 1792 г. В Тайной экспедиции содержались узники, оставшиеся от прошлого и даже позапрошлого царствования (один из них находился в заключении еще со времени Елизаветы Петровны). Но какой-либо значительной роли экспедиция уже не играла. Политический