Прототип Кугишо E14Y1 представлял собой однодвигательный двухместный поплавковый низкоплан смешанной конструкции. Новый гидросамолёт, как и его предшественник Ватанабэ E9W1, имел небольшие размеры. В качестве силовой установки был выбран звездообразный 9-цилиндровый двигатель воздушного охлаждения Хитачи GK2 «Темпу» 12 (Hitachi GK2 Tempu 12) мощностью 340 лошадиных сил с деревянным двухлопастным винтом постоянного шага.
В полёте прототип разведывательного гидросамолёта для подводных лодок Кугишо E14Y1, 1939 год
Фюзеляж E14Y1, имеющий силовой каркас из металлических труб, обшивался листами дюралюминия в носовой его части и полотном в хвостовой. Крыло и хвостовое оперение имели смешанную конструкцию и полотняную обшивку. Для размещения в авиационном ангаре подводных лодок овальной формы с длиной 8.5 метра шириной 2.4 метра и высотой 1.4 метра консоли крыльев складывались вдоль фюзеляжа. Стабилизатор хвостового оперения для уменьшения высоты складывался поворотом вниз. Цельнометаллические поплавки крепились к фюзеляжу и консолям крыла с помощью стоек. При хранении в лодочном ангаре поплавки демонтировались, а стойки складывались под фюзеляж.
Схема размещения E14Y1 в ангаре подводной лодки
Пилот и стрелок-наблюдатель размещались в полузакрытой остеклённой кабине. Для связи с подводной лодкой в кабине у наблюдателя имелась радиостанция, а для самообороны предназначался установленный на шворневой установке 7.7-мм пулемёт Тип 92.
Один из первых серийных гидросамолётов Кугишо E14Y1, Йокосука, 1940 год
Под крылом E14Y1 имелись бомбодержатели для двух 30-кг авиабомб. При уменьшении запаса топлива и демонтаже оборонительного вооружения, а при крайней необходимости и сокращения экипажа до оного человека бомбовое вооружение могло состоять из двух 76-кг бомб.
В ходе лётных испытаний прототип Кугишо E14Y1 развил максимальную скорость полёта 239 км в час. Крейсерская скорость на высоте 1000 метров составляла 157 км в час. Пустой вес прототипа составлял 1130 кг и превышал требования спецификации 12-Shi на 180 кг, что в совокупности с малым запасом топлива в 200 литров определило невысокую нормальную дальность полёта в 480 км (у Ватанабэ E9W1 аналогичный показатель был равен 590 км). Это явно не устраивало заказчика. Кроме того в ходе полётов выявилась неудовлетворительная путевая устойчивость.
Выявленные недостатки были устранены в ходе постройки предсерийной партии E14Y1 (в количестве 10 единиц) в 1940 году. Конструкция самолёта была облегчена на 80 кг, запас топлива увеличили до 340 литров. Под фюзеляжем установили небольшой фальшкиль и увеличили площадь основного киля. Кабина экипажа стала полностью закрытой.
Первые два предсерийных образца E14Y1 на испытаниях показали улучшенные лётно-технические характеристики. Максимальная скорость в устойчивом горизонтальном полёте возросла до 246 км в час, а крейсерская до 167 км в час. Нормальная дальность полёта увеличилась