Понятие и система самоуправления судов и администрирования судебной власти на уровне закона стали известны после 1998 г., т. е. после принятия упомянутого Закона «О внесении изменений и дополнений в Закон о судах». Тем временем законодателем была избрана модель, действовавшая в некоторых государствах Западной Европы (например, в Германии, Швеции и др.), согласно которой политическая ответственность за надлежащую административную деятельность судов была возложена на министра юстиции, а ее осуществление – на председателей соответствующих судов и уполномоченных ими судей. Общим координирующим органом в данной системе являлся Судебный департамент при Министерстве юстиции. Кроме политической ответственности министр юстиции был наделен довольно широкими полномочиями, в том числе мог назначать и увольнять работников администрации судов. Президенту Республики он представлял кандидатуры председателей и судей апилинковых, окружных судов и Апелляционного суда, назначал заместителей председателей апилинковых и окружных судов, председателей отделов данных судов, а также председателей отделов Апелляционного суда. Министру юстиции также было предоставлено право через уполномоченных лиц или Судебный департамент при Министерстве юстиции производить проверку и ревизовать хозяйственную и финансовую деятельность апилинковых, окружных судов, а также Апелляционного суда, устанавливать порядок контроля за административной деятельностью судей, а также через Судебный департамент, председателей судов и других уполномоченных лиц осуществлять контроль за административной деятельностью судов и судей, за исключением Верховного Суда Литвы, устанавливать количество судей в отделах окружных судов и Апелляционного суда. Министр юстиции был наделен полномочиями возбуждать дисциплинарные дела в отношении председателей апилинковых, окружных судов, а также Апелляционного суда, их заместителей, председателей отделов и других судей.
Контроль за административной деятельностью судов (судей) охватывал меры, обеспечивающие более оперативное рассмотрение дел, соответствующее правилам этики судей, меры, обеспечивающее эффективное исполнение судебных решений, а также способствующие эффективной и качественной административной деятельности судов (судей). В Положениях об осуществлении контроля над административной деятельностью судов (судей) Литовской Республики, за исключением Верховного Суда Литвы, утвержденных Приказом министра юстиции от 19 ноября 1998 г. [12], установлено, что