Вместе с тем и сама обитель преподобного Сергия стала предметом национальной гордости: мы знаем целый ряд свидетельств иностранцев, которым показывали Троицкий монастырь как одну из величайших достопримечательностей царства Московского. Троицкому монастырю выпало на долю еще одно блестящее деяние – послужить оплотом русской независимости в смутное время. В годину величайшей разрухи, когда вся земля русская наводнена была польскими, казацкими и просто воровскими шайками, когда царь и центральная власть не имели никакой силы и почвы под ногами, а бояре, служилые люди и даже духовенство перебегали от Тушинского вора к полякам, от поляков к царю, а от царя опять к вору, дойдя до крайних пределов деморализации, Троицкий монастырь остался верен заветам Куликова поля и сохранил твердо и действенно свою преданность русской независимости и государственности. К 1608 году, началу знаменитой осады, Троицкий монастырь представлял собою первоклассную крепость, устроенную по всем правилам современной фортификации и вооруженную сильной артиллерией. Как видим, оплот духовный стал уже и оплотом военным, и поэтому обладание им вдвойне было важно для обеих борющихся сторон. Однако, гарнизон лавры был немногочисленен, около 2 тысяч человек и когда она была окружена сбродным войском Сапеги и Лисовского, достигавшим, как полагают, 15000 человек, на оборону монастыря встали так-же все иноки и служки, способные носить оружие. 16 месяцев длилась знаменитая осада монастыря, и все же он со славой отстоял себя. Можно различно оценивать историческое значение этой обороны, но достоверно можно сказать, что под стенами лавры задержались крупные силы поляков, и этим самым был прикрыт весь север, куда набегали лишь отдельные грабительские шайки, а главное – была спасена национальная святыня, сердце Руси не перестало биться и кровью запечатлело, в период общего разложения и измены национальным идеалам, свою верность им, и послужило затем одним из руководящих и организационных центров освободительного движения, которое связывается обычно с именами Минина и Пожарского. Архимандрит лавры Дионисий и келарь Авраамий Палицын своими призывными грамотами и даже личными уговорами способствовали скорейшему сбору войска, шедшего с севера освобождать Москву. В самый острый момент разногласий между казаками и народным ополчением под Москвой, Троицкий монастырь предложил казакам даже свои церковные драгоценности, чтобы удержать их от ухода из-под Москвы.
Впоследствии, уже в конце XVII века, Троицкий монастырь дважды укрывал в своих стенах юного Петра Великого во время стрелецких волнений; предание и сейчас указывает на огромного деревянного