8 февраля 1918 года, Томский «Совет рабочих и солдатских депутатов» разогнал её, но «Дума» продолжила свою деятельность нелегально, образовав подпольное «Временное Сибирское правительство».
В Сибири стали создаваться заговорщические организации, главным образом офицерские, ставившие целью свержение власти большевиков. Они вошли в контакт с командованием «чехословацкого» корпуса, эвакуировавшегося через Сибирь. «Чехословаки» согласились помочь, тем более, что сами готовились к восстанию. В конце мая, в начале июня 1918 года, во многих пунктах Транссибирской магистрали произошли заранее спланированные выступления «чехословацкого» корпуса, к которым тотчас примкнули подпольные «белогвардейские» заговорщики и часть населения. Советская власть была свергнута на протяжении восьми тысяч вёрст, от Волги до Амура.
30 июня 1918 года, было образовано новое «Временное Сибирское Правительство», главой которого стал областник и правый эсер Пётр Вологодский.
4 июля 1918 года, была опубликована «Декарация о государственной самостоятельности Сибири», за подписью главы и членов нового «Временного Сибирского Правительства. В ней констатировалось, «…Российской государственности, как таковой, уже не существует», и объявлялось, «Временное Сибирское Правительство, вместе с «Сибирской областной Думой» берёт на себя всю полноту власти в Сибири, имеет право сношений с иностранными государствами, и никакая иная власть, помимо «Временного Сибирского Правительства», не может действовать в Сибири. «Временное Сибирское Правительство» обещало в скором времени созвать «Все Сибирское Учредительное Собрание». Вместе с тем, особо подчёркивалось, что «Временное Сибирское Правительство, «…не считает Сибирь навсегда оторвавшейся от тех территорий, которые в совокупности составляли Державу Российскую, и полагает, что все его усилия должны быть направлены к воссозданию Российской государственности».
Характер будущих взаимоотношений «Сибири» к европейской России, после окончательного свержения власти большевиков, должен был определяться двусторонним соглашением между «Всероссийским и Все Сибирским Учредительными собраниями».
«Сибирская областная Дума» так и не собралась, а что касается «Все Сибирского Учредительного собрания», то усилия «Временного Сибирского Правительства» по воссозданию Российской государственности, всё больше превалировали над сибирской автономией. «Временное Сибирское Правительство» стремилось к объединению всех антибольшевистских сил. Оно приняло участие в «Уфимском государственном совещании» представителей региональных правительств, политических партий