Склеп святителя был почитаем богомольцами. По крутой узкой лестнице они спускались в глубокую пещеру, где, в открытой раке, лежал святитель в полном архиерейском облачении, с митрой на голове, а часть его руки была обнажена для прикладывания. У раки стоял святительский жезл. Над мощами теплилось несколько лампад.
Наиболее капитальная перестройка Троицкого собора последовала при епископе Аггее, во второй половине XIX в. 1 января 1782 г. епископ Аггеей переосвятил храм.
В 1833 г., когда из Белгорода в Курск была переведена архиерейская кафедра, Троицкий собор и архиерейский дом были обращены в монастырь, сюда была переведена братия из Знаменского Курского монастыря. Несмотря на то, что Белгород уже не был епархиальным городом, поток паломников сюда не уменьшился. Люди продолжали идти ко гробу святителя. Доходило до того, что некоторые архиереи вынуждены были ограничивать и даже порой совсем прекращать доступ в пещерку.
Спустя два года на юго-востоке от собора появилась каменная церковь в честь Знамения Пресвятой Богородицы. Она была освящена 10 ноября 1835 г. Служба в ней совершалась только зимой.
В 1897–1898 гг. Свято-Троицкий собор был вновь отреставрирован, расписан внутри, получил новые иконостасы и новые образа. 1 октября 1899 г. он был освящен епископом Лаврентием.
После прославления свт. Иоасафа, его мощи были перенесены в собор и положены в серебряной раке. Поток паломников к ним увеличился. Продолжала сохраняться как святыня и пещерка святителя. В ней оставался прежний дубовый гроб, в котором мощи пролежали более полутора веков, жезл святителя и фамильная икона Владимирской Божией Матери, которой родители благословили своего сына на пастырское служение.
В декабре 1920 г. мощи прп. Иоасафа Белгородского были изъяты из Свято-Троицкого собора. После этого собор был закрыт, а статус кафедрального храма перешел к Преображенскому собору. В 1930-х гг. Троицкий собор был взорван, монастырские постройки снесены, а после Великой Отечественной войны территорию, на которой когда-то находился монастырь, застроили жилыми домами. Сегодня о некогда стоявшем здесь храме напоминает только название Свято-Троицкого бульвара, в прошлом являвшегося частью соборной площади.
Преображенский кафедральный собор. Главным храмом епархии является Преображенский кафедральный собор. Здесь находятся две самые почитаемые святыни епархии – нетленные мощи свт. Иоасафа и икона Николы Ратного.
Первая деревянная Преображенская церковь впервые упоминается в Писцовых книгах в 1626 г. Находилась она на левом берегу реки Северский Донец, на территории современного Старого города. Потом ее перенесли на правый берег Донца (территория современного парка Победы).
В начале XIX в. архиепископ Белгородский и Курский Феоктист (Мочульский) предложил