Святыней Спасо-Преображенского собора является и икона Божией Матери «Знамение», начала XX в. Эта икона являлась экспонатом одной из выставок белгородского музея, проходившей в 1998 г. Сотрудники музея заметили, что в ходе выставки, лики на иконе стали просветляться. Ввиду этого, руководство музея решило передать икону в Спасо-Преображенский собор.
Николо-Иоасафовский собор. Первоначально, Николо-Иоасафовский собор был кладбищенским Никольским храмом, построенным в 1799 г. на средства горожан. В XIX в. храм был перестроен, была расширена его апсида, он получил приделы сщмч. Харалампия, прп. Иоанна Печерского Многострадального и Рождества Иоанна Предтечи. Тогда же был изготовлен новый соборный иконостас.
В годы Великой Отечественной войны храм был сильно разрушен. Верующие восстанавливали его на свои средства, однако долгое время часть храма занимал склад газеты «Белгородская правда». Полностью храм был возвращен верующим в 1954 г. В 1962 г., после закрытия Спасо-Преображенского собора, Патриарх Московский и всея Руси Алексий I утвердил именование Никольской кладбищенской церкви как «Белгородского кафедрального собора во имя Иоасафа, епископа Белгородского». Главный престол был переосвящен архиепископом Курским и Белгородским Серафимом (Никитиным) во имя свт. Иоасафа. Так, на протяжении почти тридцати лет, кладбищенская церковь выстроенная когда-то горожанами, являлась главным храмом Белгородской области, пока в 1991 г. не стал снова кафедральным Преображенский собор.
16 сентября 1991 г. во время крестного хода, совершенного в честь второго обретения нетленных мощей свт. Иоасафа, первым храмом Белгорода, принявшим святыню, стал Николо-Иоасафовский собор. После совершения молебна, рака со святыми мощами была перенесена в Спасо-Преображенский собор, который вновь получил статус кафедрального собора. В память этого было решено ежегодно, в праздник Преображения Господня, переносить раку с мощами свт. Иоасафа в Николо-Иоасафовский собор, а 17 сентября возвращать обратно в Преображенский, в годовщину второго обретения святых мощей.
Смоленский собор. В ночь на 15 октября 1703 г. чудесно прославилась Смоленская икона Божией Матери Одигитрия («Путеводительница»), находившаяся над вратами белгородской крепостной стены. Больные и увечные, прикладываясь к образу, стали получать исцеление. Людской поток к иконе увеличивался с каждым днем, и в 1705 г. вблизи иконы была построена деревянная Смоленская церковь. Она простояла недолго, сгорев в очередном городском пожаре.
В первой трети XVIII в. архиепископом Белгородским и Обоянским Петром (Смеличем) был заложен каменный двухэтажный храм. В его нижнем этаже в 1743 г. был освящен престол во имя Смоленской иконы Божией Матери, а в верхнем, в 1760-х гг. – во имя свв. апостолов Петра и Павла.