Con sus nuevos gobiernos democráticos ya elegidos, tanto en Eslovenia como en Croacia, temerosas de una intervención del ejército federal que acabara con sus pretensiones de independencia, cada vez más manifiestas, iniciaron un proceso de creación de un ejército propio lo suficientemente armado para hacer frente a dicha amenaza. En el caso de Croacia, ese ejército resultaba aún más necesario tanto por su posición fronteriza con Serbia y Bosnia, como por la insurrección de Krajina (que proclamó su autonomía el 21 de diciembre de 1990) y Eslavonia oriental. En esta última región, habían surgido también fuerzas paramilitares serbias en torno a localidades como Vukovar, que recordaban a los viejos chetniks monárquicos de la Segunda Guerra Mundial, con sus águilas bicéfalas en sus gorros de lana y algunos símbolos religiosos ortodoxos.
En Eslovenia y Croacia no se podía contar con el ejército federal, claramente partidario de la unidad, con muchos oficiales de origen serbio y por ello más bien convertido en enemigo de las repúblicas secesionistas. Ese era, pues el enemigo a batir, a expulsar de sus propios territorios. Para ello disponían de sus propias policías y de la denominada y ya mencionada Defensa Territorial, un sistema creado por Tito mediante la Ley de Defensa Nacional de 1969 para proteger Yugoslavia en caso de una invasión exterior como la acaecida en Checoslovaquia un año antes. Dicha defensa implicaba a civiles reservistas tanto varones como mujeres de entre 15 y 65 años de edad, que sumaban entre uno y tres millones de personas y estaban encuadradas en unidades locales. De vez en cuando, un total de hasta 860.000 soldados de la Defensa Territorial podían ser llamados para participar en maniobras y otras actividades militares en su zona de residencia. Más de 2.000 municipios, fábricas y otras empresas organizaron pequeñas unidades del tipo de las compañías armadas con armas ligeras, que al luchar en sus lugares de origen, ante la eventual agresión exterior mantendrían la esencial producción local de pertrechos para el esfuerzo de la defensa. También funcionaban unidades mayores tipo batallón o regimiento, más fuertemente equipadas, incluyendo algunos vehículos blindados. Aunque lo más destacado de esta fuerza reservista era su organización altamente descentralizada e independiente. Las unidades de la Defensa Territorial fueron organizadas y financiadas por los gobiernos de cada una de las repúblicas constituyentes, es decir, Bosnia y Herzegovina, Croacia, Macedonia, Montenegro, Serbia y Eslovenia, así como por cada una de las dos provincias autónomas de Vojvodina y Kosovo.
Los altos mandos de la Defensa Territorial pertenecían al ejército federal, lo que permitió al gobierno de Yugoslavia, en la primavera de 1990, retener buena parte de su armamento e iniciar su desmantelamiento, ante la perspectiva de que eslovenos y croatas intentaran basar sus propios ejércitos en dicha defensa. En este sentido, fueron los eslovenos los que lograrían una organización militar más eficaz, conservando el 30% de las armas de la Defensa Territorial, reclutando a 70.000 hombres y comprando secretamente armamento en países como Alemania o en el mercado negro, hasta el extremo de conseguir unas 5.000 piezas de artillería ligera en parte robadas de los depósitos del ejército federal. Una tarea de la que se encargó el flamante ministro de Defensa Janez Janša, el mismo periodista condenado en 1988, quien mediante todo tipo de subterfugios (como esconder los certificados de nacimiento) logró evitar que los jóvenes reclutas eslovenos fueran a realizar el servicio militar a otras repúblicas. En cambio en Croacia (como sucedería también en Bosnia y Herzegovina), donde la minoría serbia colaboró activamente, el ejército federal no tuvo problemas para desarmar completamente a los croatas de la Defensa Territorial, y sus autoridades solo pudieron echar mano de la policía republicana, convertida en la denominada Guardia Nacional, a la que se fueron añadiendo reclutas en general bisoños. De todo ello tuvo que hacerse cargo el general Martin Špegelj, ministro de Defensa croata y viejo partisano de la Segunda Guerra Mundial (al igual que su presidente Tuđman), quien no tardaría en verse acusado por los servicios de inteligencia federales (el KOS) de tráfico ilegal de armas.
Efectivamente, el jefe del KOS, coronel general Aleksandar Vasiljević, al que ya hemos visto espiando a Janša en 1988, se mantenía alerta ante estos acontecimientos, y no tardó en descubrir la secreta e ilegal adquisición de armas en Rumanía y Hungría, que entraban en camiones a través de la frontera húngaro-croata de Virovitica, por parte de Špegelj y sus agentes. Además, lograría grabar secretamente varias cintas, en las que se veía al ministro croata explicando sus planes para desactivar al ejército federal e intentando reclutar a un oficial para la causa insurreccional. Una información que empleó en cuanto tuvo ocasión para desprestigiar al nuevo gobierno croata.
Bosnia también tuvo sus primeras elecciones democráticas en dos rondas el 18 de noviembre y el 2 de diciembre. Cada grupo étnico-religioso votó a su partido: así, los musulmanes, aunque no habían desarrollado todavía una conciencia nacionalista y más bien eran partidarios de una Bosnia unida y multiétnica, lo hicieron al Partido de Acción Democrática (SDA) de Alija Izetbegović, más proislámico que probosnio; los serbios, al Partido Democrático Serbio (SDS), y los croatas a la Unión Democrática Croata (HDZ). Es decir, en estos dos últimos casos, a partidos nacionalistas a los que les interesaba bien poco el destino de una Bosnia unida e incluso de una Yugoslavia unida, y que consideraban a los musulmanes bien serbios islamizados (o sea contaminados y degenerados), bien croatas asimismo islamizados. La presidencia de la república sería rotatoria, siendo el primero elegido el abogado y filósofo musulmán Alija Izetbegović, el hombre que ya había sido condenado en 1983 por actividades hostiles a la república. En Serbia, las primeras elecciones democráticas se celebraron el 9 de diciembre de 1990. Slobodan Milošević se mantuvo como presidente de la república, y su partido, el Partido Socialista de Serbia (SPS), los antiguos comunistas, obtuvo una amplia mayoría en el Parlamento. Ese mismo mes, después de dos rondas, la Liga de los Comunistas de Montenegro vencía en sus elecciones, siendo elegido presidente de la pequeña república Momir Bulatović, firme aliado de Milošević. Por fin, en Macedonia las primeras elecciones pluralistas se celebraron también en dos rondas a partir del 11 de noviembre. El otrora gobernante Partido Comunista tomó una dirección reformista y cambió su nombre por la Liga de los Comunistas de Macedonia-Partido por el Cambio Democrático liderado por Petar Gošev. Después de que el jefe de la última presidencia comunista Vladimir Mitkov renunciara, el excomunista Kiro Gligorov se convirtió en el primer presidente democráticamente electo de la República Socialista de Macedonia el 31 de enero de 1991. El 16 de abril de ese año, el Parlamento aprobó una enmienda constitucional que eliminaba el concepto «socialista» de la república.
La llamada de las armas
Sobre el papel, el ejército federal yugoslavo (el JNA, siglas de Jugoslovenska narodna armija, o Ejército Nacional Yugoslavo) parecía ser una fuerza poderosa, con 180.000 soldados, 2.000 tanques y 300 aviones de combate (todos ellos de fabricación nacional o soviética). Sin embargo, en 1991 la mayoría de este equipamiento tenía más de 30 años: los modelos más extendidos, el tanque T-54/55 y el caza MiG-21, constituían el 60% y el 40% de las fuerzas blindadas y de la fuerza aérea respectivamente. Por el contrario, los misiles antitanque (como el AT-5) y antiaéreos (como los SA-14) eran más modernos y bastante abundantes, y habían sido diseñados para destruir armamento mucho más avanzado. Además, el JNA constituía una fuerza multinacional: los conflictos políticos y la lucha civil iban a suponer la deserción de muchos hombres (especialmente entre los cuadros de oficiales, muchos de ellos procedentes de las áreas del norte de Yugoslavia, más desarrolladas), perjudicando así seriamente la efectividad de este ejército. El ministro de Defensa que lo dirigía en 1991 era el general Veljko Kadijević, partisano comunista nacido en la localidad croata de Glavina Donja, aunque de padre serbio. En 1991, manteniendo buenas relaciones con Milošević, proclamaba una postura firme en defensa de la unidad de Yugoslavia. De, hecho, en enero de aquel año barajaba junto a otros miembros del alto mando yugoslavo la posibilidad de protagonizar un golpe de Estado que acabara con las veleidades de las repúblicas. En este sentido, desplazó a varios de sus subordinados a tantear la opinión de los europeos y los soviéticos al respecto. En un momento en el que el mundo tenía puestos sus ojos en la guerra de Golfo, con Irak como enemigo internacional, nadie parecía