Но не только награждение вызвало переживания батюшки. В это время он страдал и от непонимания и даже нестроений с молодыми сослужителями. Дело в том, что в эти годы Церковь, только что вышедшая из Синодального периода и еще не вошедшая в период тотальных гонений от советской власти, жила мыслями об исправлении и улучшении церковной жизни. Об этом же горячо радели и молодые сослужители о. Алексия. Им казалось, что батюшка своей мягкостью и добротой потворствует нарушениям церковной дисциплины. Произошло несколько неприятных случаев, прежде чем они смогли убедиться в духовной мудрости своего наставника.
Один такой случай связан с записками о здравии и упокоении. Согласно каноническим правилам, записки должны быть подаваемы во время проскомидии, то есть до возгласа «Благословенно Царство», возвещающего начало литургии. Но общепринятая практика Русской Православной Церкви, и тогда и сейчас, допускает прием записок и вынимание частиц о здравии и упокоении вплоть до Великого Входа, когда Чаша со Святыми Дарами переносится с Жертвенника на Престол.
Общепринятая практика обсуждалась на собраниях духовенства и мирян, радеющих о чистоте церковной жизни. В результате молодые священнослужители маросейского храма решили, что не будут принимать записки после начала литургии. Вскоре это стало причиной неприятного случая, стоившего о. Алексию много нервов и душевных сил.
Как-то раз один из прихожан, у которого серьезно заболела жена, зашел в храм во время литургии перед самым чтением Евангелия, подал записку о здравии и купил просфору, прося вынуть из нее частицу. Но служивший в то время священник отказал ему, сказав, что проскомидия уже совершена. Прихожанин очень огорчился и отправился на квартиру к батюшке. Там он жаловался на новые порядки, лишающие его последнего утешения в трудную минуту. Отец Алексий, изумленный тем, что без его ведома и благословения было сделано та кое распоряжение, немедленно отправился в храм. Он просил священника, служившего ли тургию, принять записку и вынуть частицу за болящую женщину. Служащий священник был так взволнован распоряжением батюшки, что, вынимая частицу, отрезал копием голову Божией Матери, изображение Которой было на просфоре. Вид изувеченной просфоры привел прихожанина в уныние. Он сказал о. Алексию, что жена его теперь умрет, раз голова Божией Матери отрезана. Батюшка оставил эту просфору у себя, дал прихожанину другую, утешив и успокоив его. После службы он пригласил священника к себе, показал ему просфору и отменил распоряжение относительно отказа в приеме записок после начала литургии.
Вообще о. Алексий придавал поминовению на проскомидии огромное значение. Он совершал ее часа полтора и более, приходя заранее и усердно вычитывая поданные записки. Когда же по болезни он не мог быть в храме, то просил служащего священника помянуть того или другого из его духовных чад.
Другой