Выделены отсутствовавшие в предыдущих изданиях разделы «Эстония», «Спасение» (аналог раздела «Черной книги» под названием «Советские люди едины») и «Убийство иностранных евреев на территории СССР» (поскольку в тексте есть свидетельства о судьбах венгерских жертв Холокоста). Сохранены подразделы «Киев» и «Одесса и Транснистрия» (в последнем изменена последовательность расположения материала). Для удобства читателя выделены подразделы «В городах и местечках Центральной Украины», «Восточная Украина» (вместо «Харьков» – включает Днепропетровскую, Донецкую и Харьковскую область), «Западная Украина» (вместо «Львов»).
Эти изменения, на наш взгляд, позволяют более последовательно изложить хронологию и географию событий.
Публикуемые свидетельства присутствуют в фонде ЕАК, как правило, в виде машинописных копий. Оригиналы писем и дневников перепечатывались в Литературной комиссии и передавались писателям, работавшим над очерками о соответствующих регионах. Видимо, подлинники также иногда оказывались у авторов очерков, и далеко не все они были возвращены ЕАК. Многие корреспонденты «Черной книги» просили вернуть дорогие им реликвии, что и было сделано. Однако некоторые оригиналы документов оказались в архиве «Яд ва-Шем» в фонде первого редактора «Черной книги» И. Г. Эренбурга и теперь сверены с машинописными копиями.
Сохранены, как правило, авторские заголовки машинописных материалов, предназначавшихся для публикации в «Черной книге». Указаны: вид публикуемого документа, автор (по возможности, с указанием имени, отчества, профессии), место событий, источники информации, дата составления. Если представлялось возможным датировать текст по содержанию либо на основе первоисточника, дата указывается в квадратных скобках.
Оговорены также случаи, когда публикуемые первоначальные тексты свидетельств были записаны в ЕАК или его корреспондентами. Если информация поступала в ЕАК как обобщенный рассказ ряда свидетелей, указывалась фамилия того, кто готовил эти материалы для «Черной книги». Когда автор записи рассказа или обзора не был указан в документах, но установлен по косвенным источникам, его фамилия приводится в квадратных скобках. Сведения, дополняющие или уточняющие издание 1993 года, также даются в квадратных скобках, но с выделением курсивом.
Указаны свидетельства, которые в сокращенном или измененном виде были использованы в «Черной книге» (Израиля Адесмана, Сарры Глейх, Евсея Гопштейна, Михаила Гричаника, Анны Моргулис, Льва Рожецкого, Хаима Ройтмана, Людмилы Слипченко).
При публикации документов, оригиналы которых были написаны на идише, как правило, указаны авторы переводов. Имеются также указания на подлинность (копийность) и язык (кроме русского) публикуемых документов. Полное указание архивных шифров (включая номера фондов