2 февраля (7 марта) 1913 года после определения широты и долготы (77° 17′ с. ш., 78° 15′ з. д.) в судовом журнале появляется запись: «…мы вышли в Северный Ледовитый океан». В. И. Альбанов отмечает, что почти всю зиму Георгий Брусилов не выходил из своей каюты.
С приходом лета экипаж пытался вырваться из ледового плена, взрывая лед порохом до начала августа. 5 августа в дневнике А. Э. Конрада появилась запись: «Пришлось бросить всю эту работу, которая не сделала никакой пользы». Тяжелая обстановка на судне, вызванная безутешным положением, обострилась из-за накаленных отношений Брусилова с Альбановым. В результате 9 (22) сентября В. И. Альбанов был «отставлен от исполнения своих обязанностей штурмана».
10 августа начинается подготовка к новой зимовке, для чего шхуну пришлось существенно переустроить. При этом стали ощутимы проблемы с продовольствием и топливом.
В сентябре-ноябре «Святая Анна» продрейфовала по всему Карскому моря с юга на северо-запад. В ходе дрейфа Г. Л. Брусилов организовал метеорологические, гидрографические и гидрофизические наблюдения. Предположительно в ноябре 1913 года шхуна вышла в открытую часть Северного Ледовитого океана и была подхвачена трансарктическим переносом вод и льдов в направлении на северо-запад.
В начале декабря 1913 года «Святая Анна» прошла широту северных островов архипелага Земля Франца-Иосифа (ЗФИ). В. И. Альбанов, как опытный полярный штурман, понимая, что дальше уже не встретится никакой земли, просит Г. Л. Брусилова отпустить его по льдам к острову Рудольфа ЗФИ.
9 января 1914 года команда узнала, что штурман строит себе каяк для перехода по льдам к островам ЗФИ. Вместе со штурманом изъявили желание пойти еще 13 человек. Уход почти половины команды давал возможность остающейся экспедиции из 10 человек растянуть оставшийся запас продуктов еще на год, так как при подготовке экспедиции Г. Л. Брусилов предусматривал возможность только одной зимовки.
В. И. Альбанов предполагал добраться до мыса Флора в юго-западной части острова Западный Нортбрук, расположенного на юге ЗФИ, с которого стартовать на остров Шпицберген и далее на Новую Землю.
10 апреля группа из 14 человек покинула судно, на котором вместе с Г. Л. Брусиловым остались Е. Жданко, гарпунеры Шленский и Денисов, матросы Мельбард и Параприц, машинист Фрейберг, боцман Потапов, повар Калмыков. С этого момента о судьбе «Святой Анны» и оставшихся членов экипажа ничего не известно до сих пор.
Отряд Альбанова взял с собой семь каяков и семь нарт. В каяки были сложены провизия, палатка, малицы, кухня (переносная печка), два компаса, хронометр, бинокли… Провизии взяли 590 кг, рассчитывая на два месяца пути. Большая часть провианта состояла из сухарей, так как предполагалось, что во время перехода будет вестись охота на морского зверя и белого медведя.
19 апреля трое участников санного похода – Шабатура, Шахнин и Пономарев –