До 1113 г. росту Госпиталя благоприятствовало покровительство светских и церковных властей Иерусалима, вера Европы в свои идеалы и, наконец, идеи и способности главного управляющего. От всего этого была бы небольшая польза, если бы Госпиталь продолжал зависеть от других институтов. Мы не знаем точной даты, когда он вышел из-под опеки монастыря Богоматери Латинской. Госпиталь мог находиться некоторое время под контролем храма Гроба Господня, и это можно объяснить патриаршей благосклонностью. Но именно привилегия, дарованная папой римским, превратила его в независимый орден. Мы уже видели, что 1112 г. ознаменовался особыми милостями Балдуина I и освождением от уплаты десятины патриарху Иерусалимскому и архиепископу Кесарии. В тот же самый год папа Пасхалий II издал буллу о юрисдикции монастыря Богоматери Латинской. Возможно, это была прелюдия признания папой независимости Госпиталя, и первые лица Иерусалима поддержали просьбу Герарда об этом.
Папская булла 1113 г. Pie postulatio voluntatis провозглашала основание нового ордена. Папа Пасхалий II взял Госпиталь под свое покровительство и подтвердил законность всей той собственности, что он приобрел или приобретет. Папа разрешил пользоваться десятиной, взимаемой с земельных владений и с произведенной продукции. Он подтвердил, что европейские филиалы Госпиталя подчиняются магистру ордена. Следуя обычной формуле папских посланий в том, что касается привилегий, даруемых независимым орденам или аббатствам, он обеспечил невмешательство извне в выборы Великого магистра. Будущие преемники Герарда должны были избираться только братией ордена Святого Иоанна. Эта булла, собственно говоря, положила начало существованию Госпиталя уже в качестве независимого ордена церкви. Произойдет еще множество преобразований и изменений, однако, можно сказать, папа заложил основы международных монашеских орденов, подотчетных только ему.
Следующие полстолетия были для развития ордена решающими. Ему повезло с первыми двумя Великими магистрами. Герард умер в 1120 г., и, следуя новому уставу, был выбран с соблюдением канонов его преемник Раймон дю Пюи. Считалось, что он был первым из братьев, кто вступил в новый орден при Герарде, и существует предание, не подтвержденное в должной степени, что он родился в Дофине во Франции. В действительности о его предках ничего не известно. Но его способности и благочестие не подлежали сомнению; во главе ордена дю Пюи находился длительное время, что тоже сказалось на его делах положительным образом. Когда он скончался где-то между 1158 и 1160 гг., структура ордена сформировалась окончательно.
Раймон дю Пюи имел репутацию святого, и его благочестие было хорошо известно его современникам. Однако, в отличие от смиренного Герарда, это был совсем другой тип личности. Его устав – строгий и сухой документ, в котором очень мало от подлинно духовной