Самые плодотворные, пожалуй, годы жизни ученого прошли в Киеве, где он был профессором университета Святого Владимира (с 1903 по 1914 годы)[127]. Однако его отношения с некоторыми коллегами были далеко не безоблачными. Перетц интересовался украинскими сюжетами и старой украинской литературой еще в Петербурге, изучая фольклор и стихосложение в рамках исследований, которые стали основой его магистерской и докторской диссертаций. При этом в Киеве начала века чрезвычайно влиятельными были монархисты из крайне правых кругов, для которых подобные склонности уже приравнивались к «украинофильской» пропаганде и проповеди сепаратизма. Главным оппонентом Перетца в университете стал профессор-филолог Тимофей Дмитриевич Флоринский (1854–1919), который еще с конца XIX века безустанно воевал с украинским научным движением, Михаилом Грушевским и любыми отступлениями от такой трактовки триединой русской нации (великороссы, малороссы, белорусы), где все «малороссийское» сводилось к чему-то региональному и заведомо второстепенному[128].
Перетца связывали тесные отношения с деятелями украинского национального возрождения начала ХХ века, хотя он всегда строго придерживался дистанции между академическими штудиями (или культурным просвещением) и прямой политической активностью[129]. В период революции 1905–1906 годов Перетц публично выступал за создание кафедр по изучению украинской словесности и за преподавание ряда предметов на украинском языке. 22 мая 1906 года он подал в совет университета Святого Владимира специальную записку об учреждении украинских кафедр; в ней он, в частности, подчеркнул, что «учреждением новых кафедр – мы должны это помнить – мы отдадим лишь долг 28‐миллионному народу, на территории которого мы живем и чьим трудом – в значительной мере – существуем»[130]. Позже подробная статья на эту тему была опубликована в журнале «Киевская старина» и одновременно в киевской украинофильской газете «Отголоски жизни» (ее редактировал кадет Н. П. Василенко – будущий министр просвещения при Скоропадском и ближайший соратник В. И. Вернадского по созданию Украинской Академии наук в 1918 году)[131]. Подъем революционного движения давал Перетцу возможность думать об избрании Ивана Франко (не только известнейшего писателя, но и серьезного исследователя старинной украинской литературы) на кафедру в университете Святого Владимира[132]. Однако утопичность этого возможного шага он сам хорошо сознавал, когда писал Франко в 1906 году:
Моя мечта: если б эта кафедра устроилась, то перетянуть Вас из Львова, несмотря на черносотенные нравы в Университете и вне его –