Будучи учеником А. И. Соболевского (и сильно расходясь с ним в политических взглядах), Перетц со второй половины 1890‐х развил и усовершенствовал его широкий культурно-филологический подход к систематическому изучению народной песни. Речь шла не только об анализе песен «самих по себе», но в первую очередь о рассмотрении их как источника уже последующего ученого, «высокого» поэтического творчества – начиная с XVII века. С небольшим разрывом Перетц защищает в 1900‐м магистерскую, а в 1902 году докторскую диссертацию (их сквозной темой как раз и стала история русской и малороссийской поэзии и песенного творчества XVII и XVIII веков). Опираясь на работы А. А. Потебни, Н. Ф. Сумцова и И. Я. Франко о малороссийских думах и песнях (а также с оглядкой на А. Н. Веселовского, внимательно проанализировавшего этнографические и фольклорные данные экспедиций Юго-Западного отдела Российского географического общества первой половины 1870‐х годов), Перетц исследовал обширные архивные свидетельства многочисленных рукописных поэтических и песенных сборников давних времен. Но он также широко обращался и к живым, еще бытующим материалам и наблюдениям великорусских, украинских и восточнославянских фольклористов. К этому примыкает изучение Перетцем истории русской повести второй половины XVII века и особенно эволюции школьных драм и инсценировок в Киеве и коллегиумах Левобережной Украины (и параллельно – придворного театра Москвы и Петербурга).
В рамках «археологии песенной поэзии» (по выражению самого ученого) следует особенно подчеркнуть принципиальную увязку анализа и актуального фольклорного материала и данных давних письменных источников. Перекличку ученой, «высокой» традиции и народного творчества Перетц трактовал достаточно широко, не только в смысле одностороннего движения «вверх», от истоков – от фольклора к «штучной» (искусственной) словесности, но также и в обратном направлении – уже в смысле влияния высоких культурных образцов на развитие и движение «низового» творчества. Отсюда и явный исследовательский интерес Перетца начала ХХ века, который сказывался в его научном поиске, и в последующем – к рождению новых и переиначиванию прежних повествовательных сюжетов, апокрифов, к «процессу сжимания рассказа в пословицу», вслед за Потебней, к фольклорной переработке естественнонаучных данных (разбор новейшей сказки о картофеле, славянских и еврейских сказаний, легенд о Громнике и Луннике). Он был особенно внимателен к параллельному развитию великорусской,