Корни этого раздора восходят ещё к правлению Зенона, а именно к 482 году, когда император вместе с патриархом Акакием (греч. Ακάκιος,? —489 гг.) решили сгладить противоречия с монофизитами. Патриарх заявил, что Иисус Христос был человеком и Богом одновременно. Но это не подтолкнуло халкидонитов и монофизитов к примирению, напротив, папа Феликс III (лат. Felix PP. III, 440—492 гг.), являясь ярым халкидонитом, отлучил от церкви константинопольского патриарха. Однако никто из священнослужителей не осмелился открыто огласить приговор папы, поэтому пергамент с текстом об отлучении просто прикрепили к рясе Акакия. Узнав о своём отлучении, патриарх решил отлучить папу. В правление Анастасия I никаких попыток разрешить эту неурядицу не предпринималось, более того, Анастасию симпатизировали монофизитские взгляды, о чём мы вам сказали в разделе Предыстория.
Мозаика свода Сан-Витале. Равенна
Юстиниан, ещё будучи консулом, вознамерился исправить эту ситуацию. Он был халкидонитом и сторонником единства церкви, а потому пошёл на диалог с папой. 25 марта 519 года папские послы прибыли в Константинополь, их встретил Юстиниан лично. По итогам переговоров бывший патриарх Акакий, а также императоры Зенон и Анастасий были преданы анафеме, что, с точки зрения халкидонитов, было решением справедливым.
Добившись всей полноты власти, Юстиниан решил нанести удар по старой религии – начались гонения на язычников. В VI веке языческое население составляло меньшинство, и старая религия сама по себе клонилась к закату, но они ещё сохраняли силу в системе образования, которая была основана на классической древнегреческой. В 529 году император издал указ, призывавший закрыть все философские школы в Афинах, многие учителя-язычники лишились средств к существованию.
Многие из язычников эмигрировали в Персию, где, как рассказывали, после успешной революции полностью исчезли преступность и социальная несправедливость, а персидский шахиншах Хосров I (пехл. Husraw, 512—579 гг.) проявлял интерес к изучению философии. Но, прибыв в Ктесифон, столицу империи Сасанидов, византийские философы были разочарованы – в городе царила преступность, а шахиншах, хоть и устроил для гостей тёплый приём, философскими вопросами не интересовался вовсе. Пробыв в Персии два года, философы вернулись обратно и смогли прожить последние годы на родине вполне спокойно. Но это было последнее поколение язычников в Византии, проживать в империи и открыто заявлять о приверженности к старой религии стало практически невозможно.
Однако язычники были не единственными, кто подвергся гонениям. Юстиниан обрушил свой гнев и на монофизитов. Многих монахов и монахинь монофизитов изгоняли из храмов. Но тут император столкнулся с некоторыми трудностями. Если добить язычников было вполне себе очень просто, то монофизитов было слишком много, чтобы расправиться с ними репрессивным путём, всё это могло перерасти