Тем не менее критика продолжалась. А после печально знаменитой сессии ВАСХНИЛ, где лысенковцы разгромил генетиков, ученого обвинили еще и в «космополитизме» и «низкопоклонстве перед Западом». Поводом послужило то, что в книге чаще встречались ссылки на иностранцев Теодора Мейнерта и Чарльза Шеррингтона, чем упоминания о «великом русском ученом» Павлове. Бернштейн был вынужден оставить лаборатории, которыми руководил и где плодотворно работал десятилетиями. В 1949 г. был рассыпан набор его книги «О ловкости и ее развитии», популярно написанной оригинальной научной работы. Ловкость в ней рассматривалась как комплексное психофизическое качество, способность решать сложную двигательную задачу, как разумность, присущая самому движению. О теориях Бернштейна речь идет в шестой главе «Двигательный разум».
В 1950 г. на Объединенной сессии Академии наук СССР и Академии медицинских наук (известной как «Павловская сессия») Бернштейна подвергли разгромной критике за «антипавловскую» направленность. Тем не менее последний период жизни не стал для ученого временем бездействия. Он много читал и реферировал иностранную литературу, в том числе по новым, интенсивно развивающимся областям науки – кибернетике и биокибернетике. Возвращение в научную жизнь все-таки произошло в период хрущевской «оттепели». Когда кончилась насильственная «павловизация» наук о жизни и в психологии, физиологии и других науках о человеке обнаружилась нехватка теорий, концептуальный вакуум, идеи Бернштейна очень пригодились. Возобновился интерес к его работам 1930-х годов, где сформулированы принципы двигательного управления. Об этом рассказывается в седьмой главе «Против течения».
В 1960 г., во время пребывания в Москве Норберта Винера, Бернштейн помогал переводить доклад ученого. Прощаясь, он подарил Винеру оттиск своей старой статьи. Узнал ли отец кибернетики в этой работе некоторые из своих идей, которые российский ученый предвосхитил уже в начале 1930-х годов? У Бернштейна чувство узнавания вполне могло возникнуть. В эти годы сам ученый переформулирует свои идеи на кибернетическом языке, говорит о моделировании будущего,