В народе стремительное возвышение Меншикова приписывалось его сексуальной связи с царем, но подобные слухи сурово карались. Так, за это были подвергнуты аресту в 1698 году один из богатейших в стране предпринимателей купец Г. Р. Никитин, в 1702 году каптенармус Преображенского полка Бояркинский, а в 1718 году – управляющий имениями вельможи Кикина.
Во время Северной войны 1700–1721 годов Меншиков командовал крупными силами пехоты и кавалерии, отличившись при осаде и штурме крепостей во многих сражениях. В 1703 году, действуя с Петром I в устье Невы и руководя отрядом из 30 лодок, он одержал первую морскую победу над шведами, взяв на абордаж и пленив два неприятельских корабля – галиот «Гедан» и шняву «Астрильд».
За этот подвиг царь выбил медаль с надписью: «Небываемое бывает», а Меншиков получил одновременно с Петром в награду орден Святого Андрея Первозванного № 7, сам Пётр был кавалером ордена № 6. 10 мая 1703 года, за 6 дней до официального основания Санкт-Петербурга, Меншиков стал генерал-губернатором Петербурга.
Он руководил строительством новой столицы и Кронштадта, корабельных верфей на реках Нева и Свирь, Петровского и Повенецкого пушечных заводов. Он сформировал Ингерманландский пехотный и драгунский полки. В 1705 году стал кавалером польского ордена Белого Орла.
Летом 1706 года он командовал всей русской кавалерией и показал себя прекрасным кавалерийским начальником, одержав победу над шведско-польским корпусом под Калишем, ставшую первой победой русских войск в «правильной битве». Шведы потеряли несколько тысяч, а их командующий генерал Мардефельт попал в плен. В награду Меншиков получил жезл с драгоценными камнями и чин подполковника лейб-гвардии Преображенского полка, где полковником был Пётр I.
В 1702 году по ходатайству Петра он был пожалован титулом графа Священной Римской империи, а в 1705 году возведён вместе с потомством в княжеское достоинство Римской империи. 30 мая 1707 года он стал «князем Ижорской земли» с титулом «светлости».
В 1714 году Александр Данилович Меншиков был избран членом Лондонского королевского общества. Письмо о принятии его было написано лично Исааком Ньютоном, став первым русским членом Лондонского Королевского общества. Но Меншикова ни разу не рискнул упомянуть о своей принадлежности к Королевскому обществу не из скромности, а из опасения насмешек.
В первые годы Северной войны двумя ближайшими спутниками царя были Александр Меншиков и Марта Скавронская. Их сближало то, что они возникли из безвестности и познакомились еще до того, как Марта встретилась с Петром.
Возвысились в российском обществе они также вместе: он из придворного конюха превратился во всесильного