В 1710 году у нее начался бурный роман с охранявшим её майором Степаном Глебовым. Евдокии тогда был 41 год, а Глебову 38. Однако в 1718 году по делу царевича Алексея к допросам был привлечен Глебов, у которого нашлись письма Евдокии.
На очной ставке бывшую царицу вынудили подписать покаянную расписку: «Я, бывшая царица, старица Елена… с Степаном Глебовым на очной ставке сказала, что с ним блудно жила, в то время как он был у рекрутского набору, и в том я виновата; писала своею рукою я, Елена». Она приняла на себя вину и подписала все документы, чтобы спасти Глебова и себя.
Пётр I не упустил возможность отомстить и оскорбить бывшую супругу и собственного сына-наследника. Глебов же вел себя достойно, о чем есть свидетельства адъютанта Петра Вельбоа: «Среди ужасных пыток, которыя Глебов терпел, по воле и в присутствии самого государя, шесть недель сряду, чтобы исторгнуть у оговореннаго признание, он твердо защищал честь и невинность Евдокии».
Зато прислужницы монастыря ничего не утаили: «… инокиня Елена пускала к себе днем и ночью, и Степан Глебов с нею обнимался и целовался, а нас или отсылали телогреи кроить к себе в кельи, или выхаживали вон…»
О блуде Евдокии и Глебова был издан манифест, который читали по всей России. Глебова живого посадили на кол посредине Красной площади. Почти сутки Глебов маялся на колу, а чтобы он преждевременно не умер от холода, заботливые палачи надели на него полушубок…
Царь Пётр еще раз попытался добиться признания от Глебова, на что тот холодно ответил: «Ты сколько жесток, столько и безрассуден; думаешь, что если я не признался среди неслыханных мучений, которыми ты меня истязывал, стану пятнать невинность и честь беспорочной женщины, в то время, когда не надеюсь более жить? Удались, дай умереть спокойно тем, которым ты не даешь спокойно жить».
В течение всего этого времени возле места казни находился священник и ждал покаяния. Но так и не дождался – Глебов умер молча… Для Петра I его гордое упорство, проявленное вопреки ужасу и боли, оказалось неожиданным. Он этого не забыл и велел ежегодно провозглашать во всех церквях анафему Глебову, как ранее Лжедмитрию, Мазепе и Разину…
Так в ряду страшных государственных преступников оказался любовник бывшей царицы. Саму Евдокию прилюдно выпороли кнутом и сослали. Её связь с заговорщиками и исполнителями Стрелецкого бунта в 1698 года петровские инквизиторы доказать не смогли, поэтому ей удалось избежать смертной казни.
В результате истории с расследованием семейного заговора появился манифест «О единонаследии», где в интересах Петра I лишались всяких надежд на престол царевич Алексей, его мать и их потомки. Старицу Елену отправили в монастырь-тюрьму в Новой Ладоге, где даже охранники