Для Шеллинга природа – единый организм, целостность которого обуславливается понятием «мировой души», идущим из традиций неоплатонизма. Начало вещей – в продуктивной, производящей (но не мыслящей) деятельности. На основе естественно-научных открытий XVIII века Шеллинг в своей «Философии природы» рассматривает природу как силовое динамичное единство противоположностей, развивающееся по определенным ступеням, на одной из которых появляется человек, его сознание.
Начало жизни природы – медленное пробуждение духа, бессознательное явление разума. Учение Шеллинга о природе – скорее величественная поэма о природе, нежели доказательная научная система. В ее образах эстетическое мироощущение находит отклик, созвучие своей душе. В целом фихтевская субъективная диалектика сознания у Шеллинга трансформируется в концепцию диалектического развития природы. Поскольку же природа у Шеллинга стала продуктом разума, его учение о природе является «физическим» идеализмом.
Ответив на вопрос о возникновении сознания из деятельности бессознательно-духовной природы, Шеллинг исследует проблему: как субъективное становится объективным, как сознание («интеллигенция») становится объектом, который существует вне субъекта и с которым согласуются представления последнего. Осмыслению этого посвящена «Система трансцендентального идеализма». Подобно тому как натурфилософия была учением о возникновении и становлении «Я», трансцендентальный идеализм должен быть учением о «Я» и его функциях.
Поскольку акт, порождающий сознание, является бессознательным, постольку зависимость сознательной жизни от бессознательной дает начало новому теоретическому процессу познания. Начинаясь с ощущения, этот процесс восходит к рассудочному, логическому мышлению (низшее познание) и далее – к разуму, постигающему предмет целостно в акте интеллектуальной интуиции. Последняя представляет собой не что иное, как непосредственное созерцание, «схватывание» разумом самого предмета в единстве его собственных противоположностей. Развивая идеи немецкого романтизма, Шеллинг предельно сближает интеллектуальную интуицию с эстетическим созерцанием. Субъектом такой интуиции является гений как бессознательно-сознательная деятельность «Я», свободное осуществление которой становится наслаждением для сознания. В этом Шеллинг, следуя Канту и Фихте, выходит за пределы их учения.
Параллели теоретического и практического разума, которые пересекаются у Канта и Фихте где-то в бесконечности, у Шеллинга «встречаются»