Выступление Семеновского полка показало, что «дух зла», который, по мнению Александра I, царил над Европой, проникает в Россию. Правительственным ответом стало подтверждение права помещиков ссылать крепостных, запрет тайных обществ и масонских лож, изгнание иезуитов, создание тайной полиции в гвардии и армии, усиление цензурного надзора. Особое беспокойство императора вызывало общее состояние умов и народное воспитание, он желал, чтобы «христианское благочестие было всегда основанием истинного просвещения».
Гонения на вольнодумство. Забота о нравственности молодежи, о пресечении вольнодумства, безбожия и «мечтательного философствования» была возложена на личного друга царя князя А. Н. Голицына, который долгие годы был обер-прокурором Синода, а в 1817 г. возглавил вновь учрежденное министерство духовных дел и народного просвещения. Голицын стремился подчинить науку и светское просвещение христианской вере, он сочетал желание уравнять православную церковь с другими христианскими конфессиями (что вызывало недовольство православных иерархов) с гонениями на учебные заведения.
В 1819 г. подвергся разгрому Казанский университет, ревизуя который М. Л. Магницкий, недавний сотрудник Сперанского, сделавшийся обскурантом, нашел столь явные свидетельства религиозного вольнодумства, что предложил «уничтожить» университет. Александр I повелел не разрушать, но исправить, поручив это Магницкому. Уволив часть профессоров и введя казарменную дисциплину, тот вскоре доложил: «Яд вольнодумства окончательно оставил университет, где обитает ныне страх Божий». Тогда же были уволены некоторые профессора Харьковского университета, а в Петербургском университете был начат процесс против лучших профессоров, обвиненных в «робеспьеризме», в том, что они преподают «в противном христианству духе».
Уступая требованиям ревнителей православия, чьи взгляды выражал ханжа и фанатик архимандрит Фотий, Александр I отправил в 1824 г. Голицына в отставку и упразднил возглавляемое им министерство. Тем самым окончательно рушились мечты императора о возможности соединения христианских церквей и создании единой европейской христианской нации, о чем он много говорил после Венского конгресса. В последние годы жизни для Александра I были характерны мистицизм, разочарование