Принципиально новой для Египта была та сугубо личная и уникальная связь, в которой Эхнатон, согласно его собственной, несомненно искренней вере, находился с Атоном (в титулатуре Эхнатона она подчеркивается эпитетом Уа-ен-Ра – «Единственный для Солнца»). Только Эхнатон, как единственный и любимый сын солнечного бога, мог получать непосредственно от него откровения, подсказывающие ему все необходимые действия; подданным, не исключая и жрецов нового и прежних культов, оставалось лишь внимать тому, что им возвещал от имени Атона царь, и слепо следовать его указаниям.
При этом воля божества служила единственным обоснованием и для дел, по египетским понятиям, невероятно жестоким: так, ближе к концу царствования Эхнатона вельможи, сопротивлявшиеся его религиозной политике, были казнены с последующим сожжением их тел (что лишало их возможности загробной жизни; скажем для сравнения, что примерно полтора века спустя, после заговора против царя Рамсеса III, великого воителя, на смерть обрекли только главарей заговора и на их останки, судя по всему, не посягали). Идея посредничества царя в контактах между людьми и богами была для Египта очень давней; однако никогда прежде она не абсолютизировалась в такой степени и в качестве оправдания для практически любых действий царя.
Ок. 1356 г. до н. э. Эхнатон впервые начинает проявлять нетерпимость по отношению к старым богам: на многих старых надписях начинают стирать имя прежнего верховного бога Амона. Ок. 1353 г. до н. э. происходит резкий разрыв с их культами: имена Амона и других старых богов начинают истребляться (особенно рьяно – в Фивах), и, наконец, запрещается само слово «бог» (теперь Атон и его сын и соправитель Эхнатон именуются только «правителями»). Это не означает неверия Эхнатона в существование традиционных богов: царь с самого начала видел в богах вполне реальную силу (хотя заведомо менее благую, чем Атон, но на первых порах терпимую); лишь со временем ему стала ясна полная неприемлемость почитания этой силы.
К этому выводу его, возможно, привели внешнеполитические неудачи, истолкованные как немилость Атона за компромисс со старыми культами: в 1350-е гг. до н. э. старый союзник Египта Митанни, столкнувшись с пренебрежительным отношением Эхнатона, неожиданно