В 1825 году ахунд Алескер вместе с Нане ханум и Фатали окончательно покинул Южный Азербайджан и поселился в одной из старейших и крупных городов региона – Гяндже.23 В течение столетий Гянджа являлась не только крупным экономическим центром и резиденцией многих правителей, но и центром средневековой культуры, известной своей поэтической школой, воспитавшей целый ряд знаменитых поэтов с мировым именем.24
Безусловно, к началу XIX века Гянджа, в значительной степени, потеряла свою былую значимость и блеск. Тем не менее, она по-прежнему оставалась одним из политических, экономических и культурных центров Северного Азербайджана. Здесь Фатали продолжил свое духовное образование. В Гяндже его знали уже как приемного сына ахунда Алескера. Отсюда и произошла впоследствии его фамилия – Ахундзаде или Ахундов, т.е. сын ахунда.
Однако начавшаяся летом 1826 года новая русско-иранская война нарушила размеренную жизнь семьи в Гяндже, т.к. город и его окрестности стали ареной жестокого противостояния между русскими и иранскими войсками. Хотя на начальном этапе войны иранским войскам удалось овладеть городом, но вскоре военный успех стал им изменять. Так, перегруппировав свои силы, русские перешли в контрнаступление и в начале сентября вплотную подошли к Гяндже. 13 сентября 1826 года в семи верстах от Гянджи, вблизи могилы Низами, произошло одно из решающих сражений в ходе русско-иранской войны 1826-1828 гг., в котором армия иранского принца Аббас Мирзы была разгромлена русскими войсками. Главным результатом этой битвы стало отступление войск Аббас Мирзы за Аракс и окончательный переход Гянджи под контроль русских.
Война нанесла серьезный материальный и моральный урон гянджинцам, т.к. город был полностью разорен и разграблен войсками противоборствующих сторон. В этом отношении не составлял исключения и ахунд Алескер, который лишился всего своего имущества, о чем в своей автобиографии пишет Ахундов.25 Оставшись без средств к существованию, он после недолгих раздумий, решил вместе с семьей вернуться в родной Шеки.
И после возвращения в Шеки ахунд Алескер продолжал усиленно заниматься обучением Фатали, обращая особое внимание на совершенствование его знаний персидского и арабского языков. Здесь же в Шеки окончательно было решено, что завершив учебу, Фатали станет духовным лицом. Поэтому когда ахунд Алескер надумал совершить хадж, обязательный для каждого правоверного мусульманина, имеющего для этого материальные и физические возможности, то по дороге в Мекку оставил Фатали в Гяндже у моллы Гусейна. Последний должен был дать Фатали уроки по логике и фикху (мусульманскому праву и юриспруденции). Как подчеркивает Ахундов, «цель моего второго отца заключалась в том, чтобы изучив арабские науки, я влился в ряды священнослужителей».26
Однако именно в Гяндже состоялась встреча Фатали с известным азербайджанским поэтом-вольнодумцем